第16回日本選手権水泳競技大会(だい16かいにほんせんしゅけんすいえいきょうぎたいかい)は、1940年(昭和15年)8月17日から8月19日まで3日間の日程で明治神宮水泳場を会場に開催された[1]。主催は日本水上競技連盟。