その後数年に渡り、LinuxカーネルとGNUコンポーネントを使用したオペレーティングシステムの名称に関する多くの意見があった。1992年、Yggdrasil Linuxディストリビューションは「Linux/GNU/X」という名称を採用した。早くも1992年には、Usenetおよびメーリングリストでの議論の中で「GNU/Linux」という名称案が[6]、1993年には「GNU+Linux」という案が出された[7]。1994年初頭にはDebian Projectが呼称を「GNU/Linux」へ変更した[8]。Debian創設者のイアン・マードックは後に、この変更はストールマンの要請によるものだったと語っている（ストールマンは当初「Lignux」という名称を提案したが、その言葉のぎこちなさが不評であったため、後に「GNU/Linux」を提案した）[9]。1994年6月の『GNU's Bulletin』では「Linux」という名称で「（多くのユーティリティやライブラリはGNUによる）386マシン用のフリーなUnixシステム」として説明しているが[10]、1995年1月の「Bulletin」では「GNU/Linux」に切り替えられている[11]。ストールマンとFSFは1994年頃から名称に「GNU」を含めさせるための行動を開始したが、伝えられるところでは、それは1996年までは専ら（上記のDebianに対する要請のような）個人的なコミュニケーションを通してのものだった[12][13]。1996年5月、ストールマンはGNU Emacs 19.31をリリースした際にAutoconfのシステムターゲットを「linux」から「lignux」へ変更し（その後すぐに、GNU Emacs 19.32で「linux-gnu」に変更した）、エッセイ『Linux and the GNU system』のなかで、「LinuxベースGNUシステム」（または「GNU/Linuxシステム」や、短く「Lignux」）という言葉を使用するよう提案した。彼は後に「GNU/Linux」のみを使用するようになり、このエッセイはストールマンの1997年のエッセイ『Linux and the GNU project』によって破棄された[14]。
Unixライク・LinuxベースシステムにおけるGNUコード
Unixライク・Linuxベースオペレーティングシステムは、Linuxカーネル、GNUプロジェクトにより開発されたソフトウェア、および相当量のX Window Systemのような他者によるソフトウェアなど、多くのコンポーネントで構成されている。ほとんどすべてのLinuxベースのデスクトップおよびサーバシステムはGNU Cライブラリ (glibc)、GNU コアユーティリティ (coreutils)、およびbashといったGNUコンポーネントを使用している。代表的なLinuxディストリビューションであるRed Hat Linux 7.1を構成するパッケージのソースコードの分析において、GNUプロジェクトによるパッケージの合計サイズがLinuxカーネルのそれよりはるかに大きいことがわかった[15]。「オペレーティングシステム」自体を構成するものとは何かを正確に定義づけることは継続的に議論されている問題である。
FSFによるヌー（GNUマスコット）とタックス（Linuxカーネルマスコット）のアートワークは「GNU/Linux」における彼らの視点を表している。ほとんどのGNUソフトウェアと同様にLinuxカーネルでも使用されているGNU General Public License（GPL）がそれぞれのキャラクターを鎧う。
この混乱のため、SCOグループやAlexis de Tocqueville Institution（AdTI）が始めたような、明らかにカーネルに対して向けられている法的脅迫や広報キャンペーンが、オペレーティングシステム全体が標的とされていると思い込んだ多くの解説者によって誤解された。これらの組織も故意にこの混乱を利用したとして糾弾された[24][25]。
^David A. Wheeler (2002年7月29日). “More Than a Gigabuck: Estimating GNU/Linux's Size”. 2008年12月13日閲覧。 “the total of the GNU project's code is much larger than the Linux kernel's size. Thus, by comparing the total contributed effort, it's certainly justifiable to call the entire system GNU/Linux and not just Linux.”
^Richard Stallman (2002年). “Linux, GNU, and freedom”. 2008年12月13日閲覧。 “Calling this variant of the GNU system "Linux" plays into the hands of people who choose their software based only on technical advantage, not caring whether it respects their freedom.”
^Linus Torvalds (2002年4月28日). “linux-kernel mailing list”. 2008年12月13日閲覧。 “Besides, as the whole notion of 'free software' has very little to do with the kernel, please just link to some open source site.”
^“Linux.org” (2008年10月15日). 2008年12月13日閲覧。 “Linux is an operating system that was initially created as a hobby by a young student, Linus Torvalds, at the University of Helsinki in Finland.”
^Eben Moglen (2003年6月27日). “FSF Statement on SCO v IBM”. 2008年12月13日閲覧。 “SCO has used "Linux" to mean "all free software", or "all free software constituting a UNIX-like operating system." This confusion, which the Free Software Foundation warned against in the past, is here shown to have the misleading consequences the Foundation has often predicted”
^Lisa Stapleton (2004年5月27日). “Stallman: Accusatory Report Deliberately Confuses”. 2008年12月13日閲覧。 “In particular, Stallman criticized the [Ken Brown/AdTI] report for capitalizing on common confusion between the Linux kernel, which Stallman says "Linus really wrote", with the full GNU operating system and associated software, which can be and generally is used with the Linux kernel.”
