Tiesības rīkot šo čempionātu Gana ieguva CAF izpildkomitejas balsojumā Kairā, pārspējot Lībijas kandidatūru ar 9-3. Nāciju kausa ieguvēji pārstāvēs Āfriku 2009. gada FIFA Konfederāciju kausā.
Kvalifikācijā, kurā piedalījās 47 (vēlāk - 46) komandas, izlases tika sadalītas 12 apakšgrupās. Katras grupas uzvarētāji un trīs labākie 2. vietu ieguvēji no grupām, kurās bija pa 4 komandām (2.-11. grupa) kvalificējās finālturnīram. Čempionāta rikotājvalsts Gana kvalificējās automātiski. Kvalifikācijas turnīrs norisinājās no 2006. gada 2. septembra līdz 2007. gada 13. oktobrim.
Namībija - 10. grupas uzvarētāji, piedalās 2. reizi
Zambija - 11. grupas uzvarētāji, piedalās 13. reizi
Maroka - 12. grupas uzvarētāji, piedalās 13. reizi (1 tituls)
Tunisija - 4. grupas 2. vietas ieguvēji, piedalās 13. reizi (1 tituls)
Benina - 9. grupas 2. vietas ieguvēji, piedalās 2. reizi
DĀR - 11. grupas 2. vietas ieguvēji, piedalās 7. reizi (1 tituls)
Izsēšana un izloze
Turnīra grupu izloze notika 2007. gada 19. oktobrī. Sešpadsmit komandas tika sadalītas 4 grozos, vadoties pēc to rezultātiem iepriekšējos Nāciju kausa turnīros. Gana kā rīkotājvalsts automātiski tika ielikta A grupā kā 1. komanda. Ēģipte, iepriekšējā turnīra čempioni, tika automātiski ielikta C grupā kā pirmā komanda.[1] Katra grupa sastāv no 4 komandām, pa vienai no katra groza.
1. grozs: Gana (A grupa), Ēģipte (C grupa), Nigērija, Tunisija
2. grozs: Kamerūna, Kotdivuāra, Maroka, Senegāla
3. grozs: Gvineja, Mali, DĀR, Zambija
4. grozs: Angola, Benina, Namībija, Sudāna
Grupu turnīrs
Krāsas nozīme grupas tabulā
Divas pirmās vietas, kas iekļūst ceturtdaļfinālā
3. un 4. vieta, kam turnīrs beidzas
Kritēriji vienāda punktu skaita gadījumā
Ja divām vai vairāk komandām grupu turnīra galā ir vienāds punktu skaits, iegūtā vieta tiek noteikta ņemot vērā sekojošos kritērijus :
a) iegūtie punkti šo komandu savstarpējā spēlē;
b) vārtu starpība šo komandu savstarpējā spēlē;
c) gūto vārtu skaits šo komandu savstarpējā spēlē;
d) vārtu starpība visās grupas spēlēs;
e) gūto vārtu skaits visās grupas spēlēs;
f) Godīgas spēles punktu sistēma, kas balstīta uz dzelteno un sarkano kartīšu skaitu;
g) organizācijas komitejas veikta izloze.[1]
Sekojošie spēlētāji tika izvēlēti kā labākie savās pozīcijās, balstoties uz viņu sniegumu turnīra gaitā. Futbolistu sniegumu analizēja CAF pārstāvji, kas arī izvēlējās čempionāta simbolisko izlasi.[4]