Later werkte hij in Cambridge in het laboratorium voor moleculaire biologie van het Medical Research Concil (MRC), met onder ander Sydney Brenner. Tussen 1986 en 2003 werkte hij aan het Carnegie Institution of Washington, afdeling embryologie in Baltimore. Het eerste werk over dubbelstrengs RNA als trigger van het stilleggen van genen werd toen gepubliceerd.
Samen met Mello wordt Fire beschouwd als grondlegger van RNA-interferentie, door werk dat ze samen met de collega's SiQun Xu, Mary Montgomery, Stephen Kostas en Sam Driver, in 1998 in Nature werd gepubliceerd.[2] Middels onderzoek aan het wormpje Caenorhabditis elegans ontdekten ze dat met kleine stukjes dubbelstrengs RNA bepaalde genen in het wormpje konden stilleggen door het onderscheppen van mRNA en zo de vorming van bepaalde eiwitten blokkeren.
Sinds de ontdekking ervan is RNA-interferentie een belangrijk onderzoeksgebied geworden onder zowel biologen als medici. Deze techniek biedt namelijk talrijke mogelijkheden voor de ontwikkeling van nieuwe generatie geneesmiddelen en behandelmethodes voor allerlei aandoeningen.
↑Andrew Fire, SiQun. Xu, Mary K, Montgomery, Steven A. Kostas, Samuel E. Driver en Craig C. Mello (1998). Potent and specific genetic interference by double-stranded RNA in Caenorhabditis elegans. Nature391 (6669): 806-11. PMID9486653.