Hij werd gekozen uit veertien sollicitanten voor de vacante positie van cellist bij de Weense staatsopera, waar hij tot 1914 speelde, dikwijls onder Mahler. Hoewel Friedrich Buxbaum de eerste cellist was, liet Mahler de cellosoli meestal spelen door Schmidt. Schmidt was ook een veelgevraagd kamermusicus en speelde in het door Arnold Schönbergs goede vriend Oskar Adler opgerichte strijkkwartet. In 1914 werd hij professor aan de Wiener Musikakademie (tegenwoordig: Universität für Musik und darstellende Kunst Wien). In 1925 werd hij directeur van deze academie, en van 1927 tot 1931 was hij tevens de rector.
Als leraar voor piano, cello, contrapunt en compositie leidde hij talrijke musici, dirigenten en componisten op die later beroemd werden, waaronder pianist Friedrich Wührer en Alfred Rosé (de zoon van Arnold Rosé, de legendarische oprichter van het Rosé Quartet, concertmeester van het Wiener Philharmoniker). Onder de componisten bevinden zich Theodor Berger, Marcel Rubin en Alfred Uhl. Hij ontving veel blijken van waardering zoals de Franz Joseph-orde, en een eredoctoraat van de universiteit van Wenen.
Het privéleven van Schmidt verliep minder positief. Zijn eerste echtgenote bracht vanaf 1919 haar leven door in een ziekenhuis voor geesteszieken. Zijn dochter Emma stierf onverwacht na de geboorte van haar enige kind. Schmidt verwerkte dit met het schrijven van zijn vierde symfonie in 1933 (die hij de opdracht "Requiem voor mijn dochter" meegaf).
Schmidts verslechterende gezondheidstoestand leidde ertoe dat hij zich in 1937 moest terugtrekken uit de academie. In zijn laatste levensjaar werd Schmidt gefêteerd als de grootste levende componist van de Ostmark, de naam die de nazi's gaven aan het door hen ingelijfde Oostenrijk. Hij kreeg de opdracht een cantate te schrijven met de titel "Deutsche Auferstehung", waardoor hij na 1945 door velen als nazisympatisant werd gezien. Schmidt voltooide de compositie echter niet en wijdde zich twee maanden voor zijn dood in 1939 aan de opdrachten voor de eenarmige pianist Paul Wittgenstein (broer van de filosoof Ludwig) voor wie hij al eerder composities had geschreven: het klarinetkwintet in A-groot en de Toccata in d-klein. (Wittgenstein, die van Joodse afkomst was, werd van het podium verbannen na de Anschluss en ontsnapte aan de nazi's door naar de Verenigde Staten te vluchten.)
Werken
Opera’s
Notre Dame, romantische opera in twee bedrijven, libretto naar Victor Hugo door Franz Schmidt en Leopold Wilk; gecomponeerd: 1902-4, première: Wenen 1914
Fredigundis, opera in drie bedrijven, libretto naar Felix Dahn door Bruno Warden en Ignaz Welleminsky; gecomp.: 1916-21, première: Berlijn 1922
Oratorium
Das Buch mit sieben Siegeln, oratorium voor solisten, koor, orgel en orkest, tekst naar het Bijbelboek Openbaring van Johannes; gecomp.: 1935-37; première: Wenen, 1938
Cantate
Deutsche Auferstehung een lied voor solisten, koor, orgel en orkest, tekst van Oskar Dietrich; gecomp.: 1938-39, onvoltooid, geschikt gemaakt voor uitvoering door Dr. Robert Wagner; première Wenen, 1940
Symfonieën
Symfonie nr.1 in E; gecomp.: 1896-99, première: Wenen 1902
Symfonie nr.2 in Es; gecomp.: 1911-13, première: Wenen 1913
Symfonie nr.3 in A; gecomp.: 1927-28, première: Wenen 1928
Symfonie nr.4 in C; gecomp.: 1932-33, première: Wenen 1934
Overige orkestwerken
Carnavalmuziek en intermezzo uit de opera Notre Dame; gecomp.: 1902-03; première: Wenen 1903
Variaties op een Huzarenlied voor orkest; gecomp.: 1930-31; première: Wenen 1931
Orkestrale chaconne in cis; gecomp.: gecompleteerd 1931; manuscript
Pianoconcerten
Concertante variaties op een thema van Beethoven voor Piano (voor de linkerhand) met begeleiding door orkest; gecomp.: 1923, première: Wenen 1924; tweehandig arrangement door Friedrich Wührer (1952)
Pianoconcert in Es (voor de linkerhand); gecomp.: 1934, première: Wenen 1935; tweehandige versie door Friedrich Wührer (1952)
Kamermuziek
Vier kleine fantasiestukken naar Hungaarse nationale melodieën voor cello met piano begeleiding; gecomp.: 1892; première: Wenen 1926 (three pieces)
Strijkkwartet in A; gecomp.: 1925; première: Wenen 1925
Strijkkwartet in G; gecomp.: 1929; première: Wenen 1930
Kwintet voor piano (voor de linkerhand), twee violen, altviool en cello in G; gecomp.: 1926; première: Stuttgart 1931; tweehandig arrangement door Friedrich Wührer (1954)
Kwintet voor klarinet, piano (voor de linkerhand), viool, altviool en cello in Bes; gecomp.: 1932; première: Wenen 1933
Kwintet voor klarinet, piano (voor de linkerhand), viool, altviool en cello in A; gecomp.: 1938; première: Wenen 1939; tweehandig arrangement door Friedrich Wührer (1952)
Muziek voor blazers
Variaties en fuga op een theme in D (de fanfare van de koning uit Fredigundis); derde arrangement voor blazers; gecomp.: 1925, première: Wenen 1925
Muziek voor orgel en blazers
Variaties en fuga op een thema in D(de fanfare van de koning uit Fredigundis); vierde arrangement voor 14 trompetten, pauken en orgel; gecomp.: 1925, première: Wenen 1925
Choralvorspiel "Gott erhalte" voor orgel met ad libitum blaasorkest; gecomp.: 1933, première: Wenen 1933
Plechtige fuga (Fuga Solemnis) voor orgel met opening door 6 trompetten, 6 hoorns, 3 Trombones, tuba en pauken; gecomp.: 1937, première: Wenen 1939
Piano muziek
Romance in A
Kerstpastorale in A (=orgelwerk, bewerking)
Intermezzo in fis (2e deel van het kwintet in A-Dur)
Toccata in d (voor de linkerhand); gecomp.: 1938, première: Wenen 1940 (tweehandig arrangement); tweehandig arrangement door Friedrich Wührer (1952)
Werken voor orgel
Variaties op een thema van Christoph Willibald von Gluck (manuscript is zoekgeraakt)
Variaties and Fugue op een eigen thema in D (fanfare van de koning uit de opera Fredigundis), eerste arrangement; gecomp.: 1916
Fantasie en fuga in D; gecomp.: 1923-24, première: Wenen 1924
Variaties en fuga op een thema in D (de fanfare van de koning uit Fredigundis), tweede arrangement; gecomp.: 1924, première: Wenen 1924
Toccata in C; comp.: 1924, première: Wenen 1925
Praeludium und Fuge in Es; gecomp.: 1924, première: Wenen 1925
Chaconne in cis; gecomp.: 1925, première: Wenen 1925
Vier kleine Choralvorspiele; gecomp.: 1926, première Wenen 1926
"O Ewigkeit du Donnerwort" in F
"Was mein Gott will" in D
"O, wie selig seid ihr doch, ihr Frommen" in D
"Nun danket alle Gott" in A
Fuga in F; gecomp.: 1927, première.: Wenen 1932
Praeludium und Fuge in C; gecomp.: 1927 première Wenen 1928
Vier kleine Praeludien und Fugen, gecomp.: 1928, première Berlijn 1929
Praeludium und Fuge in Es
Praeludium und Fuge in c
Praeludium und Fuge in G
Praeludium und Fuge in D
Choralvorspiel "Der Heiland ist erstanden"; gecomp.: 1934, première Wenen 1934
Praeludium und Fuge in A; gecomp.: 1934, première: Wenen 1934
Toccata und Fuge in As; gecomp.: 1935, première: Wenen 1936
Thomas Bernard Corfield - Franz Schmidt (1874-1939) - A Discussion of His Style With Particular Reference to the Four Symphonies and 'Das Buch mit sieben Siegeln (Garland Publishing, New York, 1989)
Harold Truscott - The Music of Franz Schmidt - 1: The Orchestral Music (Toccata Press, London, 1984)
Wilhelm Altmann - Handbuch für Streichquartettspieler (Handbook for String quartet performers) (Hinrichshofen Verlag, Wilhelmshafen, 1972)
Otto Brusatti, Studien zu Franz Schmidt (Studies of Franz Schmidt) (Universal Edition, Vienna 1977)
Andreas Liess, Franz Schmidt (Böhlau, Graz 1951)
C. Nemeth, Franz Schmidt (Leipzig 1957)
Walter Obermaier (Ed.), Franz Schmidt und seine Zeit (Franz Schmidt and his time): Symposium 1985 (Doblinger, Vienna-Munich 1988).
Carmen Ottner, Quellen zu Franz Schmidt (Sources for Franz Schmidt), Parts 1 and 2. (Doblinger, Vienna-Munich 1985-1987)
Carmen Ottner (Hrsg.): Franz Schmidt und die österreichische Orgelmusik seiner Zeit (Franz Schmidt, and Austrian Organ-Music of his time): Symposion 1991 (Doblinger, Vienna 1992), ISBN 3-900695-24-5
Norbert Tschulik: Franz Schmidt (Österreichischer Bundesverlag, Wien 1972)