Matsumoto (Japans: 松本市, Matsumotoshi) is een stad in de prefectuurNagano op het Japanse eiland Honshu. De stad heeft een oppervlakte van 919,35 km² en had in 2007 ongeveer 228.500 inwoners.
Matsumoto is vrij hoog gelegen en is daardoor in de zomer minder vochtig-warm dan omliggende steden.
De stad is schoksgewijs gegroeid door het absorberen van omliggende gebieden, dorpen en steden:
1 februari 1925: het dorp Matsumoto uit het district Higashichikuma,
1 april 1943: Kanda gebied (voorheen het dorp Nakayama, district Higashichikuma),
1 april 1954: de dorpen Nakayama, Shimadachi en Shimauchi (voorheen district Higashichikuma),
1 augustus 1954: de dorpen Wada, Koorishin, Kamibayashi, Sasaga, Yoshikawa, Saiwai, Okada, Iriyamabe, Satoyamabe en Imai (voorheen district Higashichikuma),
1 april 1960 en 1 april 1962: delen van het dorp Kataoka (voorheen behorend bij de stad Shiojiri, district Higashichikuma),
1 mei 1974: het dorp Hongo (voorheen district Higashichikuma),
1 april 1982: delen van het Araiba gebied (voorheen behorend bij de stad Shiojiri),
1 november 2000: Matsumoto kreeg de status van speciale stad,
1 april 2005: de dorpen Azumi, Nagawa en Azusagawa (voorheen district Minamiazumi) en het dorp Shiga (voorheen district Higashichikuma).
Op 27 juni1994 kwam Matsumoto in het nieuws door een aanslag met het gifgas sarin door de Aum Shinrikyosekte waarbij zeven mensen omkwamen en 58 mensen gewond raakten.
FujiGen, de grootste producent van gitaren in Japan, is gevestigd in Matsumoto, evenals toeleveranciers van gitaaronderdelen.
Iets ten noorden van Matsumoto bevindt zich de werelds grootste wasabikwekerij. Wasabi kan alleen gekweekt worden in extreem schoon water en deze kwekerij is daarom een regionale trots.