Pierwszy raz księstwo powstało w 1396 roku, kiedy księstwo Anhalt-Zerbst rozdzielono pomiędzy Anhalt-Dessau i Anhalt-Köthen. Księstwo przestało istnieć jednak już w 1552, kiedy zostało odziedziczone przez książąt Anhaltu-Dessau.
Druga kreacja księstwa miała miejsce w roku 1603 w wyniku kolejnego podziału księstwa Anhaltu-Zerbst.
W 1806 Anhalt-Köthen zostało podniesione do rangi księstwa udzielnego (Herzogtum)[a]. Wraz ze śmiercią księcia Henryka w dniu 23 listopada 1847 roku, wygasła linia Anhalt-Köthen i jej terytoria zostały zjednoczone z Anhalt-Dessau na mocy patentu z dnia 22 maja 1853 roku.
Przedstawiciele rodu rządzącego księstwem Anhaltu-Köthen, książęta Anhaltu-Köthen-Pless (potomkowie młodszego syna władcy Anhaltu-Köthen Augusta Ludwika) byli w latach 1765–1847, właścicielami dóbr na Śląsku (m. in Zamku w Pszczynie).
Władcy Anhaltu-Köthen
Książęta (Fürsten) (1396-1562)
Albert IV 1396-1423
Waldemar V 1423-1436 (koregent)
Adolf I 1423-1473
Albert VI 1473-1475 (koregent)
Magnus 1475-1508 (koregent) (zm. 1524)
Adolf II 1475-1508 (koregent) (zm. 1526)
Filip 1475-1500 (koregent)
Waldemar VI 1471-1508 (Anhalt-Dessau)
Wolfgang 1508-1562 (zm. 1566)
Zjednoczenie z Anhaltem-Dessau - 1562
Książęta (Fürsten) (1603-1806)
Ludwig 1603–1650
Wilhelm Ludwik 1650–1665
August Anhalt-Plötzkau - regent 1650–1653
Lebrecht i Emmanuel Anhalt-Plötzkau - regencja 1653–1659