Gen referencyjny

Geny referencyjne – geny biorące udział w regulacji podstawowych i wszechobecnych funkcji komórki, które są niezbędne do jej przeżycia i prawidłowego funkcjonowania. Zaliczane są również do genów utrzymujących porządek (ang. Housekeeping genes).

W związku z ich przypuszczalnie niezmienną ekspresją, geny te są stosowane jako geny odniesienia do kontroli ekspresji genów pochodzących z innych komórek, wykorzystywane do normalizacji poziomów mRNA między próbkami w ilościowej reakcji łańcuchowej polimerazy z odwrotną transkrypcją qRT-PCR.^[1] Najwłaściwszy gen referencyjny powinien być wyrażany w komórkach na stałym poziomie, na różnych etapach rozwoju, w różnych warunkach przeprowadzanego eksperymentu. Jak pokazują badania, nie istnieje jeden idealny gen, który wykazuje stałą ekspresję we wszystkich tych warunkach, dlatego też niezbędne w wyborze genu referencyjnego jest wykonanie walidacji danego genu, co ma wpływ na dokładną analizę jego ekspresji^[2].

Obecnie najczęściej stosowane geny referencyjne to GAPDH (dehydrogenaza aldehydu 3- fosfoglicerynowego), ACT (β-aktyna), 18S rRNA i 28S rRNA, ALB (albumina), EF1A (elongation factor 1α) i inne^[3]. W celu określenia, który gen odniesienia jest najlepszy do normalizacji transkryptu w konkretnym zbiorze próbek, opracowano algorytmy statystyczne takie jak RefFinder, NormqPCR, RefGenes, OLIVER, geNorm, BestKeeper i NormFinder^[4].

Przypisy

↑ https://www.researchgate.net/publication/5934593_Housekeeping_genes_as_a_reference_in_quantitative_real-time_RT-PCR Romanowski T, Markiewicz A, Bednarz-Knoll N, Bielawski KP, Housekeeping genes as a reference in quantitative real-time RT-PCR,(2007). Postȩpy higieny i medycyny doświadczalnej (Online). 61. 500-10.
↑ https://bmcmolbiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/1471-2199-6-4 Zhang X, Ding L, Sandford AJ, 2005. Selection of reference genes for gene expression studies in human neutrophils by real-time PCR. BMC Molecular Biology20056:4.
↑ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3825189/ Kozera B, Rapacz M, 2013. Reference genes in real-time PCR. J Appl Genet. 2013;54(4):391–406.
↑ https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0193076 WANG J, Abbas M, Wen Y, Niu D, Sun Y, Li Y, 2018. Selection and validation of reference genes for quantitative gene expression analyses in black locust (Robinia pseudoacacia L.) using real-time quantitative PCR.

[1] ttps://www.researchgate.net/publication/5934593_Housekeeping_genes_as_a_reference_in_quantitative_real-time_RT-PCR Romanowski T, Markiewicz A, Bednarz-Knoll N, Bielawski KP, Housekeeping genes as a reference in quantitative real-time RT-PCR,(2007). Postȩpy higieny i medycyny doświadczalnej (Online). 61. 500-10.

[2] ttps://bmcmolbiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/1471-2199-6-4 Zhang X, Ding L, Sandford AJ, 2005. Selection of reference genes for gene expression studies in human neutrophils by real-time PCR. BMC Molecular Biology20056:4.

[3] ttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3825189/ Kozera B, Rapacz M, 2013. Reference genes in real-time PCR. J Appl Genet. 2013;54(4):391–406.

[4] ttps://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0193076 WANG J, Abbas M, Wen Y, Niu D, Sun Y, Li Y, 2018. Selection and validation of reference genes for quantitative gene expression analyses in black locust (Robinia pseudoacacia L.) using real-time quantitative PCR.

[1]

[2]

[3]

[4]

Gen referencyjny

Przypisy

Portal di Ensiklopedia Dunia