28 września 1918 poświęcony został uroczyście pierwszy gmach szkolny przy ul. Kapucyńskiej 21 (nr hip. 494h) w Warszawie. Pierwszym dyrektorem szkoły został pedagog Zdzisław Rudzki, rekomendowany przez ministra Ponikowskiego. Warunki lokalowe nie pozwalały na efektywne prowadzenie zajęć, np. nauk matematyczno-przyrodniczych, dlatego w 1922 rozpoczęto budowę gmachu przy ul. Myśliwieckiej 6. Projektantem obiektu był Tadeusz Tołwiński. Czworokątny gmach z dziedzińcem oraz czterema alkierzami powstał w inspiracji renesansowym palazzo in fortezza[2].
Przez cztery lata po rozpoczęciu nauki w nowym budynku (15 września 1924), porządkowano i zagospodarowywano teren wokół niego (stworzono m.in. ogród botaniczny). W tym samym czasie laboratoria szkoły zostały wyposażone w nowoczesny, jak na tamte czasy, sprzęt. Unikatowe było obserwatorium astronomiczne, umieszczone w wieżyczce w północnym skrzydle budynku. W podziemiach znajdował się dostępny dla uczniów basen, przez wiele lat pozostający jedyną w Polsce wewnętrzną pływalnią szkoły średniej.
W roku szkolnym 1930/1931 w szkole uczyło się 343 uczniów[3].
27 września 1933, w czterechsetlecie urodzin Stefana Batorego, na dziedzińcu szkoły odsłonięto jego pomnik. Zniszczony w czasie wojny monument został odbudowany dzięki staraniom Stowarzyszenia Wychowanków Gimnazjum i Liceum Batorego[4].
We wrześniu 1939 w gmachu szkoły umieszczono rannych i chorych, tworząc tymczasową filię pobliskiego Szpitala Ujazdowskiego[5].
Podczas drugiej wojny światowej szkoła organizowała tajne komplety. W budynku szkolnym działała zaś niemiecka szkoła podstawowa Deutsche Schule (1939/1940) oraz średnia Deutsche Oberschule (1940/1945). Deutsche Schule była pierwszą szkołą niemiecką w okupowanej Warszawie, otworzył ją osobiście gubernatorHans Frank[6].
1 sierpnia 1944 powstańcy zaatakowali budynek od strony ulicy Rozbrat, jednak zmasowany ogień broni maszynowej niemieckiej załogi zmusił ich do wycofania się na ulicę Przemysłową[7].
W 1945 budynek szkoły był jednym z najlepiej zachowanych budynków szkolnych w lewobrzeżnej Warszawie[8]. Szkoła wznowiła działalność przed 3 marca 1945[8]. Po wojnie władze zmieniły placówki nazwę na Państwowe Gimnazjum i Liceum im. Stefana Batorego, nadały numer drugi i status szkoły koedukacyjnej.
W 1958 szkoła powróciła do gmachu na ulicy Myśliwieckiej i do poprzedniej nazwy szkoły, oficjalnie brzmiącej II Liceum im. Stefana Batorego.
W stanie wojennym, w lutym 1982 r. uczniowie szkoły zorganizowali protest, potępili pacyfikację strajku w kopalni „Wujek”. Trzynastego każdego miesiąca uczniowie przychodzili ubrani na czarno i na dużych przerwach milczeli. W 1982 ówczesna dyrektor szkoły Teresa Garncarzyk wezwała do szkoły funkcjonariuszy Służby Bezpieczeństwa, którzy na oczach kolegów wyprowadzili ucznia Piotra Cichockiego. Wraz z nim zatrzymano również jego koleżankę Ewę Bogaczyk. Cichocki był następnie sądzony za dystrybucję ulotek „Solidarności”. W sądzie bronił go adwokat Edward Wende, któremu udało się doprowadzić do uniewinnienia chłopca, pomimo obciążających zeznań składanych przez dyrektorkę Liceum[9].
W 1999 roku wraz ze zmianą ustroju szkolnego przy Liceum im. Stefana Batorego utworzono gimnazjum (Gimnazjum Nr 33 im. Stefana Batorego). Obie szkoły nazwano wtedy Zespół Szkół Nr 6 Gminy Centrum m.st. Warszawy. W 2004 miasto zmieniło nazwę zespołu na Zespół Szkół Nr 66 m.st. Warszawy. Mimo istnienia tych nazw zazwyczaj używana była przedwojenna nazwa szkoły – Gimnazjum i Liceum im. Stefana Batorego.
W 2005 roku powstał chór szkolny „Batory”, którego dyrektorem artystycznym był Jerzy Antepowicz. W latach 2006–2009 dyrygentem chóru był Sławomir Leszczyński.
Od 2005 realizowany jest w jednej z klas program IB, początkowo pod nadzorem Ewy Dąbrowskiej, a następnie Joanny Szcześniak. W roku szkolnym 2011/2012 wicedyrektorem – koordynatorem programu IB był Michał Lis, natomiast w roku szkolnym 2012/2013 na stanowisko koordynatora programu IB wróciła J. Szcześniak.
W 2006 roku kolejna zmiana nazwy szkół: Gimnazjum Nr 33 im. Stefana Batorego z oddziałami dwujęzycznymi oraz II Liceum Ogólnokształcące im. Stefana Batorego z oddziałami dwujęzycznymi. Nazwa Zespołu Szkół nie uległa zmianie.
W 2006 roku miała również miejsce I edycja Unikatowego Festiwalu Offowego, jednej z dużych imprez tego typu w Warszawie.
W 2006 roku uczniowie założyli gazetę szkolną „Batorak”[11]. „Batorak” jest najdłużej wydawaną gazetą w historii szkoły.
W dniach 17–19 października 2008 odbyły się uroczystości 90-lecia powstania szkoły i 475. rocznicy urodzin patrona szkoły, króla Stefana Batorego. W obchodach brała udział prezydent Warszawy Hanna Gronkiewicz-Waltz.
W 2009 roku odbyła się I edycja Warsaw Model United Nations, symulowanych obrad ONZ dla uczniów szkół średnich.
W 2017 w związku z reformą systemu oświaty zlikwidowano gimnazjum, a szkoła nosi nazwę II Liceum Ogólnokształcące z Oddziałami Dwujęzycznymi im. Stefana Batorego. W roku szkolnym 2018/2019 zakończono kształcenie w wygaszanym gimnazjum.
Stowarzyszenie Wychowanków Gimnazjum i Liceum im. Stefana Batorego wydało książkę o historii i obyczajach szkoły. Jej tytuł – „Pochodem idziemy...” nawiązuje do jej hymnu stworzonego przy współpracy ucznia, przyszłego kompozytora światowej sławy, Witolda Lutosławskiego, który napisał muzykę, oraz nauczyciela-poety – Stanisława Młodożeńca (słowa). Opowiada o absolwentach przedwojennych (Baczyński, bohaterowie Kamieni na szaniec i inni), a także tych powojennych.
Z okazji 90-lecia szkoły został wydany „Przewodnik po Gimnazjum i Liceum imienia Stefana Batorego w Warszawie”.
↑Edmund Kujawski (red.), Witold Grabski (red.): „Pochodem idziemy...” Dzieje i legenda Szkoły im. Stefana Batorego w Warszawie. Warszawa: Stowarzyszenie Wychowanków Gimnazjum i Liceum im.Stefana Batorego w Warszawie, 2003, s. 18. ISBN 83-06-02325-0.
↑Grzegorz Mika. W sercu Solca. „Skarpa Warszawska”, s. 16, październik 2018.
↑Lech Królikowski: Szkolnictwo dawnej Warszawy. Warszawa: Muzeum Historyczne m. st. Warszawy, 2008, s. 627. ISBN 978-83-88477-81-2.
↑Irena Grzesiuk-Olszewska: Warszawska rzeźba pomnikowa. Warszawa: Wydawnictwo Neriton, 2003, s. 89. ISBN 83-88973-59-2.
↑Stanisław Bayer: Służba zdrowia Warszawy w walce z okupantem 1939–1945. Warszawa: Wydawnictwo Ministerstwa Obrony Narodowej, 1985, s. 18. ISBN 83-11-07170-5.
↑Tomasz Szarota: Okupowanej Warszawy dzień powszedni. Warszawa: Czytelnik, 2010, s. 370. ISBN 978-83-07-03239-9.
↑Piotr Rozwadowski (red. nauk.): Wielka Ilustrowana Encyklopedia Powstania Warszawskiego. Tom 1. Warszawa: Dom Wydawniczy Bellona i Fundacja „Warszawa Walczy 1939–1945”, 2005, s. 70. ISBN 83-11-10124-8.
↑ abJan Górski: Drugie narodziny miasta. Warszawa 1945. Warszawa: Państwowy Instytut Wydawniczy, 1976, s. 159.
↑ abCzesław P. Uhma (red.): „Pochodem idziemy...”. Dzieje i legenda Szkoły im. Stefana Batorego w Warszawie. Suplement na osiemdziesięciolecie Szkoły. Warszawa: Stowarzyszenie Wychowanków Gimnazjum i Liceum im. Stefana Batorego w Warszawie, 1998, s. 8. ISBN 83-909257-0-2.Sprawdź autora:1.
↑Edmund Kujawski (red.), Witold Grabski (red.): „Pochodem idziemy...” Dzieje i legenda Szkoły im. Stefana Batorego w Warszawie. Warszawa: Stowarzyszenie Wychowanków Gimnazjum i Liceum im.Stefana Batorego w Warszawie, 2003, s. 294. ISBN 83-06-02325-0.
↑Edmund Kujawski (red.), Witold Grabski (red.): „Pochodem idziemy...” Dzieje i legenda Szkoły im. Stefana Batorego w Warszawie. Warszawa: Stowarzyszenie Wychowanków Gimnazjum i Liceum im.Stefana Batorego w Warszawie, 2003, s. II 5. ISBN 83-06-02325-0.
↑Edmund Kujawski (red.), Witold Grabski (red.): „Pochodem idziemy...” Dzieje i legenda Szkoły im. Stefana Batorego w Warszawie. Warszawa: Stowarzyszenie Wychowanków Gimnazjum i Liceum im.Stefana Batorego w Warszawie, 2003, s. II 62. ISBN 83-06-02325-0.
↑Edmund Kujawski (red.), Witold Grabski (red.): „Pochodem idziemy...” Dzieje i legenda Szkoły im. Stefana Batorego w Warszawie. Warszawa: Stowarzyszenie Wychowanków Gimnazjum i Liceum im.Stefana Batorego w Warszawie, 2003, s. II 63. ISBN 83-06-02325-0.
↑Dyrektorzy [online], batory.edu.pl [dostęp 2019-12-20] [zarchiwizowane z adresu 2023-01-31].
↑JanuszJ.SzymanekJanuszJ., GrzegorzG.ChmielewskiGrzegorzG., Stulecie. Rajd Polski 1921–2021, Warszawa: Auto Klub Dziennikarzy Polskich, 2021, s. 180, ISBN 978-83-939524-7-2.