27 października 1920 roku został mianowany dowódcą Frontu Południowego. Pod jego dowództwem Armia Rosyjska gen. Wrangla została ostatecznie wyparta z Północnej Taurydy oraz z Krymu. Był to koniec wojny domowej z białymi na froncie południowym[5].
Od marca 1924 był zastępcą komisarza ludowego (ministra) spraw wojennych i morskich Lwa Trockiego oraz szefem sztabu Armii Czerwonej[6], a od stycznia 1925 – komisarzem ludowym spraw wojennych i morskich, a także przewodniczącym Rady Wojskowo–Rewolucyjnej ZSRR (Реввоенсовет СССР). Kandydaturę Frunzego, który zastąpił Trockiego na stanowisku komisarza ludowego spraw wojennych popierali w Biurze Politycznym RKP(b) Grigorij Zinowjew i Lew Kamieniew, ówcześnie w sojuszu politycznym ze Stalinem, przy oporze tego ostatniego. Nominacja Frunzego oznaczała upadek Trockiego – twórcy Armii Czerwonej i głównodowodzącego w latach 1918–1925. Frunze sformułował podstawy radzieckiej doktryny wojennej oraz zakończył reformę wojska – komisarze polityczni zostali przekształceni w zastępców dowódcy bez prawa dowodzenia. Jednocześnie od 1924 roku był zastępcą członka Biura Politycznego KCRosyjskiej Komunistycznej Partii (bolszewików) (RKP(b)).
Zmarł w trakcie operacji wrzodu żołądka, z powodu zastosowania typu narkozy, na który był uczulony. Frunze nie chciał poddać się operacji, został do niej zmuszony postanowieniem Biura Politycznego KC RKP(b). Od początku podejrzewano, że operacja mogła mieć charakter skrytobójstwa. Taką sugestię przedstawił pisarz Borys Pilniak w opowiadaniu Opowieść niezgaszonego księżyca opublikowanym już w 1926 roku, podobnie uważał ówczesny sekretarz Biura Politycznego Boris Bażanow[7]. Wkrótce zaczęto o nią podejrzewać Stalina. Mimo braku istnienia bezpośredniego dowodu na umyślne spowodowanie śmierci Frunzego przez lekarzy wątpliwości budzi fakt, że zastosowana przy operacji dawka chloroformu siedmiokrotnie przekraczała zwykle stosowaną w celu wywołania narkozy[8]. Śmierć Frunzego umożliwiła wprowadzenie przez Stalina na stanowisko głównodowodzącego swego zausznika Klimenta Woroszyłowa.
Po śmierci Frunzego jego żona, przekonana o nienaturalnym charakterze śmierci męża, popełniła samobójstwo. Dzieci, syn Timur (1923–1942) i córka Tatiana (1920–2024[9]), do roku 1931 pozostawały pod opieką babki. Wobec jej ciężkiej choroby w 1931 adoptował je i wychowywał Klimient Woroszyłow.
↑P. Kenez: Red Advance, White Defeat. Civil War in South Russia 1919–1920. Washington DC: New Academia Publishing, 2004. ISBN 0-9744934-5-7, s. 304–307.
Miloš Mikeln: Stalin (Tytuł oryginału słoweńskiego: Staljin, življenjska pot samodrżca); Wydawnictwo Ministerstwa Obrony Narodowej 1990, ISBN 83-11-07757-6
