Kościół na tzw. „osiedlu wojskowym” w Braniewie powstał z adaptowanego niedokończonego pawilonu handlowego, który był w stanie surowym otwartym. Wykończenie obiektu oraz adaptacja do celów sakralnych miała miejsce w latach 1999–2005. Pozwolenie na użytkowanie części kościelno–administracyjnej wydano w roku 2000 (od tego roku sprawowane są w kościele msze święte).
1 stycznia 2012 roku – na podstawie umowy zawartej pomiędzy Biskupem Polowym Wojska Polskiego – Józefem Guzdkiem i arcybiskupem warmińskim – Wojciechem Ziembą, została erygowana parafia wojskowo-cywilna pw. św. Wojciecha w Braniewie. Do parafii należą wierni z rodzin wojskowych i cywilnych zamieszkujący na ulicy: Sucharskiego, Sowińskiego, Dembińskiego, gen. Grota-Roweckiego, Bema i Stefczyka oraz wioski: Zawierz, Rudłowo, Glinka i Prątnik. Parafia liczy obecnie ok. 3000 wiernych.
