W 1954 współorganizował Klan Płonącego Pomidora, prywatny klub dyskusyjny zbuntowanej młodzieży. W 1955 organizował Uniwersytecki Klub Dyskusyjny w Krakowie, a w 1956 pierwsze krakowskie juwenalia, podczas których po raz pierwszy tysiące młodzieży przeszło ulicami miasta w niekontrolowanej manifestacji. W 1955 ukończył prawo na Uniwersytecie Jagiellońskim. W latach 1954–1956 był zatrudniony jako pracownik naukowo-dydaktyczny Wydziału Prawa UJ.
Od listopada 1956 pracował w redakcji „Po Prostu”, od stycznia 1957 – jako reporter. Był inicjatorem ruchu na rzecz samorządu. Napisał z Januszem Roszką i Jerzym Zieleńskim kilka książek reporterskich. Pod koniec lat 60. szeroką popularność zyskała jego Księga wróżb prawdziwych, opisująca przyszłość tworzoną przez postęp nauki i techniki. Napisał z bratem Andrzejem książkę Gra o jutro, która podważała tryb funkcjonowania gospodarki PRL, popularyzowała zachodnie doświadczenia w zarządzaniu i postulowała przywrócenie pieniądza jako miernika efektywności zamiast wykonywania planów. Od maja 1970 był redaktorem „Życia i Nowoczesności” (czwartkowego dodatku do „Życia Warszawy”), z którego w październiku 1973 z przyczyn politycznych został – wraz z trzonem zespołu – usunięty.
W latach 1971–1974 Stefan Bratkowski był również kierownikiem Pracowni Prognoz Rozwoju Ośrodka Badawczo-Rozwojowego Informatyki. Pozostawał następnie do 1980 bez stałego zatrudnienia. Był autorem scenariuszy części odcinków serialu telewizyjnego Najdłuższa wojna nowoczesnej Europy (1979–1981)[8].
Jesienią 1980 na fali przemian związanych z powstaniem „Solidarności” został wybrany na prezesa Stowarzyszenia Dziennikarzy Polskich. Po wprowadzeniu stanu wojennego kierował działającym wówczas nielegalnie Stowarzyszeniem Dziennikarzy Polskich. Od 1983 do 1988 realizował „Gazetę Dźwiękową”, którą uzupełniał piosenkami bardów związanych z opozycją, a którą w formie kaset magnetofonowych rozpowszechniał Piotr Szwemin[10][11]. Uczestniczył w Konwersatorium im. Bogdana Gotowskiego, w 1987 współorganizował tzw. „sześćdziesiątkę”, grupującą intelektualistów polskich, członków władz NSZZ „Solidarność” oraz rozwiązanych stowarzyszeń twórczych i naukowych. W latach 80. publikował swoje teksty w wydawnictwach drugiego obiegu[12]
W 1989 ponownie został prezesem zalegalizowanego SDP, funkcję tę pełnił do 1990, po czym został honorowym prezesem stowarzyszenia. Również w 1989 współorganizował „Gazetę Wyborczą”, do której do 1995 pisywał felietony, był wśród założycieli przedsiębiorstwa Agora. Potem krótko był felietonistą tygodnika „Computerworld”, a następnie publicystą „Rzeczpospolitej”, z którą zerwał współpracę w 2006, zarzucając redaktorowi naczelnemu ingerencję w swoje teksty[13].
W 1991 brał udział w założeniu (razem z World Press Freedom Committee) Fundacji Centrum Prasowe dla Krajów Europy Środkowo-Wschodniej, pełnił funkcję przewodniczącego rady tej organizacji, a w 2007 stanął na czele jej zarządu[14].
W listopadzie 2019 z okazji 85-lecia urodzin Stefana Bratkowskiego na portalu Studio Opinii ukazał się jego obszerny dziennik, ogłoszony przez dziennikarza Jerzego Klechtę[23].
Zaułek sześciu wieków, Państwowe Wydawnictwo „Iskry”, 1963 (współautor, z Januszem Roszką).
Nie będzie balu dla weteranów, Państwowe Wydawnictwo „Iskry”, 1964 (współautor, z Januszem Roszką).
W tropikach inaczej, Państwowe Wydawnictwo „Iskry”, 1965 (współautor, z Jerzym Zieleńskim).
Ostatki staropolskie, Spółdzielnia Wydawnicza „Czytelnik”, 1966 (współautor, z Januszem Roszką).
Księga wróżb prawdziwych, Harcerskie Biuro Wydawnicze Horyzonty, 1968.
Gra o jutro, Państwowy Instytut Wydawniczy, 1970 (współautor, z Andrzejem Bratkowskim); wydanie poprawione i uzupełnione jako Gra o jutro 2. Co warto zrobić teraz i z myślą o wnukach, Studio Emka, Warszawa 2011.
Mały słownik informatyki, Ośrodek Badawczo-Rozwojowy Informatyki, 1972 (oprac., wespół z Witoldem Węckowiczem).
Z czym do nieśmiertelności, Wydawnictwo „Śląsk”, 1977; wydanie 2 poszerzone: Wydawnictwo „Śląsk”, 1979, ISBN 83-216-0185-5.
Oddalający się kontynent, Państwowy Instytut Wydawniczy, 1978; wydanie 2 poprawione i rozszerzone: Państwowy Instytut Wydawniczy, 1980, ISBN 83-06-00506-6.
Skąd przychodzimy. Opowieści z drugiego kwadratu, Państwowe Wydawnictwo „Iskry”, 1978; wydanie poprawione i rozszerzone: BGW, 1993.
Programować może każdy, Państwowe Wydawnictwo „Iskry”, Warszawa 1978 (podręcznik języka programowaniaBASIC; seria: „Życie i Nowoczesność”).
Nie tak stromo pod tę górę. Krótki poradnik dla tych, którzy nie wiedzą, że nic się nie da zrobić, Książka i Wiedza 1980.
Nowy Marsyliusz, czyli społeczeństwo inteligentne, Państwowy Instytut Wydawniczy, 1981, ISBN 83-06-00587-2.
Ku przestrodze, Bicentennial Publishing Corporation, 1983, ISBN 0-912757-07-8 (przedmowa: Marek P. Krzyżański; seria: Biblioteka Polityczna „Nowego Dziennika”).
Jak robić interesy – razem, Państwowe Wydawnictwo „Iskry”, 1989, ISBN 83-207-1141-X.
Którędy do dobrobytu wsi. O dwóch polskich chłopskich cudach, o kilku wypróbowanych sposobach (polskich, niemieckich, angielskich i amerykańskich) na zdobywanie pieniędzy i o tym, jak uwierzyć, że można samemu dać sobie radę – zamiast blokować drogi, strajkować, głodować, protestować i niepotrzebnie zrażać do siebie resztę społeczeństwa, Nowoczesność – Fundacja im. Macieja Rataja, 1993.
Robotnicy – akcjonariusze. Polskie związki wielkiej encykliki, Fundacja Wspierania Przekształceń Własnościowych przy ZE ELWRO, 1993, ISBN 83-7469-415-7.
Wiosna Europy: mnisi, królowie i wizjonerzy, Państwowe Wydawnictwo „Iskry”, 1997, ISBN 83-207-1556-3.
W drodze do Montaigne, Spółdzielnia Wydawnicza „Czytelnik”, 2012, ISBN 978-83-07-03277-1.
Kto na to przyzwolił? Szkic o odpowiedzialności za przyszłą historię, Studio Emka, 2013, ISBN 978-83-63773-21-2.
Nieco inna historia Polski, Studio Opinii, 2015 (e-book)[29].
Opracowania
Księga dwudziestolatków 1965, Państwowe Wydawnictwo „Iskry”, 1967 (wespół z Aliną Kalczyńską).
Sygurd Wiśniowski, W pogoni za nową przygodą, Krajowa Agencja Wydawnicza, 1979 (wybór i opracowanie; wespół z Romaną Przybyłowską-Bratkowską).
Jan Sztolcman, Czwarty Polak za Kordylierami Krajowa Agencja Wydawnicza, 1982 (wybór i opracowanie; wespół z Romaną Przybyłowską-Bratkowską).
Październik 1956. Pierwszy wyłom w systemie. Bunt, młodość i rozsądek, Prószyński i S-ka, 1996, ISBN 83-7180-040-1 (praca zbiorowa; zebrał i zredagował Stefan Bratkowski).
Przekłady
Robert Townsend, Jak zdobyć szklaną górę organizacji. Czyli co robić, aby nie tłamsić ludzi i nie hamować rozwoju, Książka i Wiedza, 1974.
↑ abO Stowarzyszeniu [online], Stowarzyszenie Pracowników, Współpracowników i Przyjaciół Rozgłośni Polskiej Radia Wolna Europa Imienia Jana Nowaka-Jeziorańskiego [dostęp 2022-10-08].