Um organismo anaeróbico facultativo é um ser vivo que produz ATP através da respiração aeróbica se o oxigénio estiver presente no ambiente, mas pode mudar para um metabolismofermentativo se o oxigénio estiver ausente. Portanto, são organismos com metabolismo muito versátil, que podem viver tanto com oxigénio quanto sem oxigénio.
Tanto os anaeróbios facultativos quanto os aerotolerantes podem realizar fermentação na ausência de oxigénio, mas os aeróbios facultativos mudam para o metabolismo aeróbio quando o oxigénio está presente (um fenómeno conhecido como efeito Pasteur). O efeito Pasteur é algumas vezes usado em laboratório para distinguir entre anaeróbios facultativos e aerotolerantes.