Os primeiros anos de sacerdócio foram vividos no Seminário de Tomar, acompanhando os alunos do 11.º e 12.º anos. No ano lectivo de 1981-1982 foi Professor de Religião e Moral Católica na Escola de Santa Maria do Olival, em Tomar. Em 1982 fez o curso de Capelães Militares, na Academia Militar, e foi nomeado capelão militar do Batalhão de Serviço de Material, do Entroncamento, e, pouco depois, também da Escola Prática de Engenharia, de Tancos.
No ano letivo de 1989-1990 foi professor de Sagrada Escritura no Seminário Maior de Luanda. Regressou então a Portugal, e foi colocado no Seminário da Boa Nova, de Valadares, com o encargo da formação dos estudantes de teologia. É professor da Faculdade de Teologia da Universidade Católica Portuguesa, núcleo do Porto, desde o ano letivo de 1990-1991.
De 1996 a 2002 foi Reitor do Seminário do Seminário da Boa Nova, de Valadares. Foi também Vigário Geral da Sociedade Missionária da Boa Nova de 1999 a 2002, ano em que foi eleito Superior Geral da mesma Sociedade Missionária da Boa Nova. Em 2004, foi nomeado pelo Papa João Paulo II membro da Congregação para a Evangelização dos Povos.
D. António Couto é colaborador do Programa Ecclesia (RTP2), da Igreja Católica, tendo colaborado regularmente desde 2003, na sua qualidade de biblista.
É autor de vários livros e autor de inúmeros artigos em enciclopédias, colectâneas e revistas.
