Esta Conferência foi uma das mais importantes realizadas na segunda metade do século XIX, visando, entre outras questões, regular o Direito Internacional Colonial, sendo que na conferência, entre outros temas, foram discutidos e estabelecidos princípios relativos à navegação de rios internacionais, a liberdade de comércio ao longo da bacia do Zaire, e também o estabelecimento de “regras uniformes nas relações internacionais relativamente às ocupações que poderão realizar-se no futuro nas costas do continente africano”. Adicionalmente, o tráfico de escravos, e a escravatura no geral constituíram pontos importantes na agenda da conferência.
Uma conferência anterior (Conferência geográfica de Bruxelas, em 1876) iniciou o debate sobre a partição da região do Congo, que foi dividido em três partes: Congo-Léopoldville, que coube aos belgas; Congo-Brazzaville, atribuída aos franceses; e Angola, que historicamente já pertencia a Portugal. Todas essas regiões formavam o antigo Reino do Kongo. O principal resultado da conferência de Berlim foi o estabelecimento de regras oficiais de colonização, mas, além disso, a conferência gerou uma onda de assinaturas de tratados entre os vários países europeus.
A Alemanha, país vencedor da guerra franco-prussiana, não possuía colônias na África, mas tinha esse desejo e viu-o satisfeito, passando a administrar o “Sudoeste Africano” (atual Namíbia), Tanganica, Camarões e Togolândia; os Estados Unidos na altura não tinham mais a colônia da Libéria, independente desde 1847, mas, como potência em ascensão, foram convidados; o Império Otomano possuía províncias na África, notadamente o Egito (incluindo o futuro Sudão Anglo-Egípcio) e Trípoli, mas seus domínios foram vastamente desconsiderados no curso das negociações e foram arrebatados de seu controle até 1914.
Durante a conferência, Portugal apresentou um projeto, o famoso "mapa cor-de-rosa", que consistia em ligar Angola a Moçambique, criando uma comunicação entre as duas colônias, de modo a facilitar o comércio e o transporte de mercadorias. Sucedeu que, apesar de todos concordarem com o projeto,[carece de fontes?] mais tarde a Inglaterra, à margem do Tratado de Windsor, surpreendentemente recusou o projeto, dando um ultimato a Portugal, ameaçando declarar-lhe guerra se a proposta não fosse retirada. Portugal, com receio de colocar em causa o tratado de amizade e cooperação militar mais antigo do mundo,[carece de fontes?] cedeu às pretensões inglesas, retirando o projeto do mapa cor-de-rosa.
Como resultado da conferência, a Grã-Bretanha passou a administrar toda a África Austral (com exceção das colônias alemã da Namíbia, portuguesas de Angola e Moçambique e da ilha francesa de Madagáscar) e o Sudoeste Africano, toda a África Oriental (com exceção da Tanganica) e partilhou a costa ocidental e o norte da África com a França, a Espanha e Portugal (Guiné-Bissau e Cabo Verde); o Congo – que estava no centro da disputa, o próprio nome da Conferência em alemão é "Conferência do Congo" – continuou como "propriedade" da Associação Internacional do Congo, cujo principal acionista era o rei Leopoldo II da Bélgica; este país passou ainda a administrar os pequenos reinos das montanhas a leste, o Ruanda e o Burundi.
Uma das mais importantes questões para Portugal, no contexto da conferência, relacionou-se com o conteúdo do Capítulo VI do Ato Geral de Berlim, com a “declaração relativa às condições essenciais a preencher para que as novas ocupações na costa do continente africano sejam consideradas efetivas".[2]
A Conferência de Berlim consagrou como regra de Direito Internacional o princípio de “uti possidetis jure” do litoral africano, afastando definitivamente os denominados “direitos históricos” (defendidos por Portugal). A referida norma, que vinha a ser idealizada, e a ganhar apoiantes na década antecedente à conferência, veio exigir de qualquer Estado a posse efetiva do território sobre o qual reclame a sua soberania, com o objetivo de evitar que os Estados reclamassem direitos sobre territórios onde não tinham qualquer tipo de presença. Apesar de algumas potências, nomeadamente o Reino Unido, defenderem que este princípio se deva aplicar a todo o continente africano, na declaração final de Berlim o princípio de “uti possidetis jure” restringe-se às áreas costeiras do continente. Surge assim o imperativo de alargamento da ocupação efetiva ao interior do continente através da definição de “esferas de influência” e que no caso português foi consubstanciado no projeto conhecido como “Mapa Cor-de-Rosa”.[3]
A divulgação do “Mapa cor-de-rosa” (documento cartográfico elaborado com base nas explorações portuguesas do território entre Angola e Moçambique), provocou a intervenção do Governo inglês que fez chegar a Lisboa um protesto, em resposta ao qual o Governo Português procurou, através de termos conciliatórios e ao dar garantias da integridade dos direitos ingleses, defender a sua posição, e simultaneamente evitar o escalar da situação. No entanto, a pressão internacional exercida sobre o Reino Unido e consequentemente sobre Portugal para definição de esferas de influência e ocupação de territórios, aliada às dificuldades governativas de Portugal, que levaram a uma certa negligência relativamente a questões de política externa, viriam a impedir a negociação de contrapartidas ao projeto, levando a Grã-Bretanha a impor um ultimato.[3]
Com efeito, o Governo de Lord Salisbury, apresentou, em 11 de janeiro de 1890, através do seu Enviado em Lisboa, George Prette, um ultimato, exigindo a retirada portuguesa das terras em disputa. Os termos em que estava redigido, bem como o curto prazo concedido, não davam margem de manobra para quaisquer negociações, nem apoios externos. Para evitar um conflito bélico, o Governo português cedeu às pressões britânicos, protestando, no entanto, os seus direitos aos territórios em disputa e pretendendo, no âmbito do artigo 12.º do Ato Geral da Conferência de Berlim, ver a contenda resolvida através de mediação e arbitragem. O Governo de João Crisóstomo continuou as negociações que conduziram à assinatura de um tratado definitivo em 11 de junho de 1891.[3]
Para Portugal acrescia ainda a questão da escravatura, que serviu frequentes vezes de pretexto para ingerências das potências estrangeiras. A Inglaterra, após abolir o tráfico em 1807, e com interesses coincidentes com a França nesta questão, pretendia estender a abolição da escravatura aos restantes países europeus; sendo que a totalidade do tráfico escravo só veio a ser abolida em todos os territórios portugueses em 1869, apesar de datarem do século XVIII os primeiros decretos que viriam a abolir a instituição da escravatura no território metropolitano português. A questão da escravatura viria a marcar a política portuguesa durante o século XIX, sendo que o primeiro decreto de abolição do tráfico nos domínios portugueses é da lavra do Marquês de Sá da Bandeira, publicado em 10 de dezembro de 1836. Este decreto proibia o tráfico de escravos em todos os territórios portugueses a sul do Equador. No entanto, muito pressionado pelo governo inglês para não só abolir o tráfico, mas também para ajudar na sua repressão, o Governo de Lisboa foi tentando escalonar no tempo e no espaço, as ações a desenvolver de modo a não criar ruturas e não prejudicar a economia.[3]
Como resultado da conferência, Portugal viria a consolidar o seu controlo sobre os seus territórios em África, que viria a administrar até 1974.