A maioria das estações abaixo, em estado de abandono, pertence (até hoje) à Rede Ferroviária Federal S.A., empresa de economia mista, atualmente em processo de liquidação, que encampou a N.O.B. Desta situação, evidentemente, excetuam-se:
as estações do Ramal de Lussanvira (extinto há décadas), que foram quase todas demolidas;
algumas estações adaptadas pela empresa a quem foi concedido o serviço de cargas pela União;
estações do Trem do Pantanal (passageiros), em implantação entre Indubrasil (município de Campo Grande) e Corumbá.
Estações
Bauru
Curuçá
Val de Palmas
Tibiriçá
Nogueira
Avaí (antiga Jacutinga)
Araribá
Mirante
Presidente Alves
Posto km 75
Pirajuí (ramal)
Toledo Piza
Lauro Müller (atual Ministro Calmon)
Cincinato (Braga)
Guarantã
Posto Renato Werneck
Cafelândia (antiga Penna)
Posto Paredão
Monlevade
(Albuquerque) Lins
Guaiçara
Promissão (antiga Hector Legru)
Capituva
Avanhandava (antiga Miguel Calmon e antes vila de Campo Verde)
Urutágua
Penápolis (antiga Santa Cruz do Avanhandava)
Bonito
Engenheiro Napoleão
(General) Glicério
Coroados
Birigüi
Guatambu
Araçatuba
(Ramal de Lussanvira, tronco até 1940 e extinto em 1962)
Engenheiro Taveira (antiga Potiguara)
Córrego Azul
Aracanguá
Saint Martin
Anhangaí
Jacarecatinga
(Manso do) Bacuri
Nova Nipônia (ou Cotovelo)
Lussanvira
Ilha Seca - linha extinta em 1940
Timboré - linha extinta em 1940
Itapura - linha extinta em 1940
(Variante de Jupiá até ser completada, em 1940, e a partir de então linha-tronco)
Ferninando Laboriau (antiga Ministro Konder ou Konderlândia)
Iporanga
Guararapes (antiga Frutal)
Rubiácea
Bento de Abreu (antiga Alto Pimenta, Patrimônio Lunardelli, Albinópolis, Diabase)
Valparaíso (antiga Vale do Paraíso)
Aguapeí
Lavínia
Mirandópolis (antiga São João da Saudade, Comandante Arbués)
Machado de Melo
Guaraçaí
Murutinga (do Sul)
Planalto
Andradina
Paranápolis
(Alfredo de) Castilho
Junqueira
(Rebojo do) Jupiá (até 1926, do lado paulista)
Ponte Dr. Francisco Sá (Rio Paraná) - inaugurada em 1926 (antes a travessia era por balsa)
Jupiá (lado matogrossense após 1926)
Três Lagoas
Gigante
Cervo
Posto km 512
Arapuá
Piaba
Buritizal
Garcias (antiga Vitorino)
Safira
Rio Branco
Posto km 599 (ou Pombo)
Pena Júnior
Posto km 620
Ferreiros (ou Ferreira, antiga Ribeirão Claro)
Major Vicente (antiga Timboré)
Água Clara
Atoladeira
Arlindo Luz (antiga Mutum)
Tamanduá
Formoso
Posto km 730
Luiz Gama
Mantena
Ribas do Rio Pardo
Posto km 786
Bálsamo
Posto km 805
Alegre
Botas
Ligação
Gerivá
Lagoa Rica
Manoel Brandão
Campo Grande (sem trilhos desde 2004)
Posto km 903 ((continua ligada por trilhos com Indubrasil e mini anel ferroviario)
Mário Dutra (continua ligada por trilhos com Indubrasil e mini anel ferroviario)