Durante a Comissão Parlamentar de Inquérito da COVID-19 (CPI da COVID-19), foi convocado pelo senador Marcos Rogério (DEM) por ter sido relator da CPI da gestão da pandemia da COVID-19 no estado do Amazonas.[8] O deputado foi questionado por não ter indiciado ou convocado o governador Wilson Lima (UNIÃO), gestão marcada pela falta de oxigênio em Manaus.[9][10][11] O deputado indicou que tais procedimentos estavam fora da alçada da investigação e que o governador já era investigado pela polícia. A explicação não convenceu os senadores e a senadora Soraya Thronicke (PSL) o confrontou, afirmando que a responsabilidade de investigar os governadores é da Assembleia legislativa.[12] O senador Omar Aziz (PSD), presidente da CPI da Covid, afirmou que a decisão de não indiciar o governador do Amazonas teria relação com "interesses pessoais" de Fausto Junior: "Eu vou apontar o motivo de o deputado não ter indiciado o governador do Amazonas, e o motivo é muito grande" disse Aziz.[13]
Após sua participação na CPI, Fausto processou Omar Aziz por abuso de autoridade, injúria, ameaças e difamação numa queixa-crime junto ao Supremo Tribunal Federal (STF).[14][15] Após o processo, Fausto usou suas redes sociais em uma postagem que chamou Aziz de 'corrupto', o que levou que Aziz processasse Fausto.[16] Aziz venceu o processo, que foi condenado pela juíza Maria Eunice Torres do Nascimento em uma indenização de oitenta mil reais.[17]
Em 2 de outubro de 2022, Fausto foi eleito para o cargo de deputado federal pelo Amazonas com 87.876 votos.[3]
