Em 1994, teve seu mandato cassado pela CPI que investigou as irregularidades no Orçamento da União, acusado pela revista Veja de participar do Escândalo dos Anões do Orçamento, um esquema de desvio de verbas, e condenado a ficar afastado da vida pública por oito anos.
Na primeira eleição em que concorreu após a retomada de seus direitos políticos, em 2002, concorreu a deputado federal, mas não se elegeu. Porém, em 2004, retornou à política, elegendo-se vereador de Porto Alegre, tendo sido o candidato mais votado naquela eleição. Em 2006, foi eleito novamente deputado federal. Aliado do governo Lula, votou a favor da CPMF, mas bateu de frente com os interesses do Presidente ao enviar em 2009 a Emenda Ibsen Pinheiro, que retirou royalties do petróleo dos estados produtores, para divisão igual entre os estados brasileiros.
Pinheiro faleceu em 24 de janeiro de 2020, vitimado por uma parada cardiorrespiratória.[9][10] Pinheiro estava internado em um hospital em Porto Alegre.[11]
↑Brasil, CPDOC-Centro de Pesquisa e Documentação História Contemporânea do. «IBSEN VALLS PINHEIRO». CPDOC - Centro de Pesquisa e Documentação de História Contemporânea do Brasil. Consultado em 30 de junho de 2021
↑«Ibsen Pinheiro». Câmara dos Deputados. Consultado em 22 de dezembro de 2016
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