Começou fazendo faculdade de Engenharia Química (como seu pai), mas sua paixão pelo teatro falou mais alto. Depois de formada, mudou-se para New York em busca de oportunidades como atriz e, enquanto isso, trabalhou como hostess num restaurante chamado Isabella's e participou de peças da Broadway. Conseguiu uma ponta na série Felicity, onde conheceu Scott Foley, seu primeiro marido, com quem ficou casada durante quatro anos. Antes do enorme sucesso de Alias, Jennifer diz que estava desesperada e ansiosa para arranjar um emprego. Fez uma bateria de testes para a série e treinou duramente Taekwondo, para não fazer feio. Seus hábitos alimentares e sua educação foram claramente úteis para o sucesso da personagem. Hoje é uma das mais amadas atrizes da televisão e do cinema, com sua personalidade naturalmente alegre e simpática. Quando participou de Pearl Harbor, conheceu Ben Affleck, seu segundo marido. Mas foi no filme Demolidor, em que também contracenam juntos, que os dois tornaram-se amigos. Com o rompimento de Ben com Jennifer Lopez e de Jennifer com Michael Vartan, os dois começaram a sair juntos. Se casaram no dia 29 de junho de 2005, nas Ilhas Turks e Caicos. O casal tem três filhos: Duas filhas, Violet Anne Affleck (nascida em 1 de dezembro de 2005) e Seraphina Rose Elizabeth Affleck (nascida em 6 de janeiro de 2009), e um filho, Samuel Garner Affleck (nascido em 27 de fevereiro de 2012). Garner possui uma cadela da raça Golden Retriever com o nome de Martha Stewart, em homenagem à apresentadora de televisão norte-americana.
Em 1 de Julho de 2015 anunciou que ela e Ben Affleck estavam se divorciando. Em um comunicado divulgado à imprensa americana, o casal afirmou: "Depois de muita reflexão e considerações cautelosas, nós tomamos a difícil decisão de nos divorciarmos. Nós seguimos com amor e amizade um pelo outro e com um compromisso de sermos bons pais para nossos filhos. Pedimos que a privacidade deles seja respeitada neste momento difícil. Este será o nosso único comentário sobre este assunto particular, da família. Obrigado pela compreensão." Em março de 2017, dois atores decidiram cancelar o divórcio.[1]
Religião
Embora Garner tenha parado de frequentar a igreja regularmente depois de se mudar para Los Angeles,[2] cada um de seus três filhos foi batizado como membro da Igreja Metodista em sua cidade natal, Charleston, Virgínia Ocidental.[3] Em 2015, ela e sua família começaram a frequentar cultos semanais da Igreja Metodista em Los Angeles.[3]
Jennifer Garner foi também indicada e premiada com outros prêmios como: Saturn Awards, ShoWest Awards, TV Land Awards, Teen Choice Awards e Television Critics Association Awards. Entre os anos de 2002 e 2007 por seus trabalhos em Alias, Demolidor, De Repente 30 e Elektra.