O Juazeiro Social Clube surgiu da fusão entre oito times amadores que disputavam a Liga de Futebol local (América, Barro Vermelho, Carranca, Colonial, Grêmio, Olaria, XV de Novembro e Veneza). Em 1996, conquistou seu primeiro título, o da Segunda Divisão baiana.[9] Na estreia na elite do futebol baiano, terminou em um satisfatório terceiro lugar.[carece de fontes?]
Em 2000, disputou o Módulo Verde da Copa João Havelange, terminando na vice-liderança do Grupo B (atrás do Corinthians Alagoano). Na segunda fase, terminou como líder do Grupo 1, superando a Tuna Luso. O Juazeiro flertou com o acesso à Série B até a última rodada, disputando a vaga na final com o Uberlândia, sendo que os dois clubes terminariam empatados em vitórias, empates, derrotas e pontos ganhos. Mas a equipe mineira levou vantagem no saldo de gols (10 marcados e seis sofridos, saldo de 4), enquanto os baianos marcariam seis gols, levando quatro (saldo de 2).[carece de fontes?]
Em 2001, após uma gradativa evolução, o Juazeiro, sob o comando do técnico Élcio "Sapatão" Nogueira, conquista o vice-campeonato baiano de futebol daquele ano, tendo sido derrotado na final pelo Bahia.[10][11]
Entre 2003 a 2007, o clube atravessou um período de grande irregularidade, principalmente por causa de graves dificuldades financeiras que prejudicaram o projeto do time de ser a terceira força do futebol baiano.
Em 2008, o Juazeiro foi rebaixado para a Segunda divisão baiana por ter tido uma péssima campanha naquele ano. Porém, depois de 2 anos conseguiu o título da segunda divisão e consequentemente o acesso a elite do futebol baiano em 2011.[12]
Acabou sendo rebaixado novamente em 2011, mas devido a uma escalação irregular de um jogador do Ipitanga, que fez o time perder pontos, o Juazeiro fica com a vaga e garantiu sua participação na primeira divisão do futebol baiano para o ano de 2012.[carece de fontes?]
Depois de uma excelente campanha no ano de 2013, o rebaixamento se tornou realidade novamente no tricolor das carrancas, no ano de 2014.[13][14]
Em 2016 o Juazeiro disputou a segunda divisão baiana[15][16][17] e se licenciou logo em seguida.[18][19]
Em 2022 o clube anunciou seu retorno as atividades,[20] fez uma boa campanha chegando as semis-finais quando foi eliminado nos penâltis pelo Jacobinense com confusão entre os dirigentes de ambos clubes.[21][22]
