De acordo com os Departamentos de Justiça e de Estado dos Estados Unidos, Waldheim participou da perseguição patrocinada pelos nazistas durante a Segunda Guerra Mundial. Eles têm evidências de que Waldheim participou, entre outras ações: na transferência de prisioneiros civis para as SS para exploração como trabalho escravo; a deportação em massa de civis – incluindo judeus das ilhas gregas e da cidade de Banja Luka, na Iugoslávia – para campos de concentração e de extermínio; a utilização de propaganda antissemita; os maus tratos e execuções de prisioneiros aliados; e execuções em represália de reféns e outros civis.[2]
Foi eleito Secretário-geral da ONU em janeiro de 1972, posto onde se empenhou bastante nas intervenções da ONU para resolver crises, como a israelo-árabe. Foi reeleito para um segundo mandato em 1978. Realçou a necessidade de um desenvolvimento económico para os países mais pobres.
Também reagiu ao massacre dos hutus no Burundi, num relatório de junho de 1972, qualificando-o de genocídio. Esta matança havia feito mais de 80 000 mortos. Falha em obter um terceiro mandato, devido ao veto da China. Contudo, o seu secretariado é visto como um fracasso, pois a ONU saiu dos anos 70 mais paralisada e ineficaz do que entrara. Por fim, em 1982, o The New York Times revela o seu passado nazi.