Em 1999 publicou No Logo (em português do Brasil Sem Logo: A Tirania das Marcas em Um Planeta Vendido e de Portugal No logo: O Poder das Marcas, lançados em 2002), que para muitos se transformou em um manifesto do movimento antiglobalização. O livro traz efeitos negativos da culturaconsumista e as pressões impostas de grandes empresas sobre seus trabalhadores. Uma das grandes criticadas é a Nike, que em suas filiais no sudeste da Ásia, segundo Klein, tortura os trabalhadores para que estes cumpram as metas da empresa. Klein recebeu resposta da Nike por isso.[1]
Em 2004 Klein e o marido Avi Lewis fizeram um documentário chamado The Take[2] onde contam sobre os trabalhadores autônomos na Argentina.
Em outubro de 2005 esteve em 11ª lugar na enquete sobre os intelectuais de 2005 promovida pela Revista Prospect.[3]
Em setembro 2007, Naomi Klein publicou o livro The Shock Doctrine: The Rise of Disaster Capitalism[1] (em português A Doutrina do Choque: a Ascensão do Capitalismo de Desastre), no qual descreveu como as empresas aproveitam dos desastres naturais, das guerras ou outros choques culturais para avançar políticas de liberalização econômicas, o que produz, segundo a autora, o empobrecimento das populações, o enriquecimento de uma minoria de capitalistas sem escrúpulos e, normalmente, tumultos os quais o governo apaga com o uso da força. Naomi Klein cita, como exemplos de sua tese: o Chile do Pinochet, o Brasil e a Argentina das ditaduras militares, a China após as repressões aos tumultos da Praça da Paz Celestial.
A partir de 2014, com a publicação do livro "This Changes Everything: Capitalism vs. the Climate" (em português Tudo pode mudar. Capitalismo vs. clima), Klein ampliou as discussões que trata em sua obra ao refletir sobre questões climáticas, denunciando o papel da globalização e do capitalismo no agravamento dos problemas que envolvem as mudanças do clima planetário.[4]