Morreu no dia 8 de junho de 2020 em Karuzi de parada cardíaca.[3] Nkurunziza planejava permanecer ativo na política como "Guia Supremo do Patriotismo", um título que viria com uma casa de pensão e aposentadoria de 1 bilhão de francos do Burundi ($535 000 dólares).[4] Ele tinha 55 anos e deveria renunciar em agosto, quando o general aposentado Evariste Ndayishimiye, que foi eleito nas eleições do mês passado, deveria assumir o cargo.[5][6]