O nome "Paraguaçu" é de origem tupi antiga e significa "rio grande", através da junção dos termos pará ("rio") e gûasu ("grande").[1] No Brasil Colônia, foi escrito de várias formas: Paraguaçu, Paraoçu, Paraossu, Peroguaçu, Perasu, Peoassu e Peruassu.
História
Segundo historiadores, em 1504 os franceses já traficavam no rio Paraguaçu com os nativos. Porém a sua descoberta pelos europeus é atribuída a Cristóvão Jacques, comandante da primeira expedição guarda-costa que chegou ao Brasil em 1526 para combater os franceses no contrabando do pau-brasil no litoral. Frei Vicente do Salvador, primeiro historiógrafo brasileiro, relata que Cristóvão Jacques, na ilha "dos Franceses" situada no baixo curso do Paraguaçu, encontrou duas naus da França ali ancoradas, comerciando com os indígenas. Cristóvão, então, afundou-as com equipagens e mercadorias.
Durante a Guerra de Independência do Brasil, uma canhoneira portuguesa no Rio Paraguaçu bombardeou a cidade de Cachoeira, sede da revolta contra os portugueses. A população da cidade reuniu uma flotilha de canoas e pequenos navios de pesca, cercando a canhoneira. Depois de três dias cercado, o capitão português e seus 28 marinheiros se renderam por falta de alimentos e munições.
Tem seiscentos quilômetros de curso, ao longo do qual banha cidades importantes, inclusive sob o ponto de vista turístico, a exemplo das acima citadas e povoados como Santiago do Iguape, São Francisco do Paraguaçu, Nagé, Coqueiros, São Roque e Barra do Paraguaçu. É navegável em seu baixo curso, da foz até as cidades de Cachoeira e São Félix, passa por Maragogipe num percurso de 46 quilômetros. Ao longo do trecho navegável, acham-se duas ilhas: a de Monte Cristo e a Ilha dos Franceses, razão pela qual é considerado um rio turístico, levando os viajantes a beneficiarem-se dos valiosos atrativos turísticos da região, não só pela beleza natural que se descortina na paisagem, mas também pela visão encantadora que se pode ter do acervo arquitetônico que se situa às suas margens. Podemos citar alguns pontos turísticos, como a Casa Grande da antiga fazenda São Roque, o Fortim da Salamina, a capela de Nossa Senhora da Penha e as ruínas do convento, igreja e hospital que a Ordem Franciscana ergueu no século XVII em São Francisco do Paraguaçu, próximo a Santiago do Iguape.