Detalhe com a localização de Troia no mapa de Álvaro Seco, de 1561
A presença mais antiga do topónimo Troia na documentação remonta a 1476. Em 1482 já existe notícia da existência de um ermitão em Troia, presumindo-se que existisse igualmente uma ermida. Em 1510 a ermida de Troia era já de qualidade assinalável, existindo no mesmo local uma hospedaria.[3]
A povoação já surge assinalada em 1561 no mapa de Álvaro Seco.
Em 1707, Frei Agostinho de Santa Maria refere-se a Troia como povoação antiga e destruída, com capela e romaria a 15 de Agosto.[4] Em 1758, o povoado era constituído por casas, estalagem e uma igreja dedicada a Nossa Senhora de Troia. O espiritual da povoação era então reivindicado pelos curas de Setúbal.[5]
Igualmente no reinado de D. José I se faz referência a uma capela de Nossa Senhora dos Prazeres no sítio de Troia, além de Alcácer e do rio Sado[6] Em janeiro de 1772, a povoação de Troia constitui, juntamente com Melides, o limite setentrional da Diocese de Beja.[7]
D. Frei Manuel do Cenáculo pretendeu mesmo criar uma paróquia em Troia, para serviço das gentes que moravam a norte do paul da Comporta.[8] Apesar de não o conseguir, obteve a criação aí de uma igreja de relevo para a Mitra,[9] a qual em 1817 pertencia à paróquia de Melides.
Ao lado da capela de Nossa Senhora do Rosário, antiga Igreja de Nossa Senhora de Troia, existe o antigo solar do morgado Francisco Cabral, proprietário das ruínas romanas de Troia,[3] que nos anos 1960 ou 1970 serviu de base aos arqueólogos que então trabalhavam na estação de Troia. Era um lugar com existência independente da península e das escavações arqueológicas.
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