Родился 27 июля1946 года в посёлке колхоза имени 1 Мая Каркаралинского районаКарагандинской области. Имя его происходит от казахского слова «тоқта», что означает «остановиться». Такое имя казахи издавна давали ребёнку мужского пола, который родился после череды умерших новорождённых или когда все предыдущие новорождённые были только девочками. Токтар был у родителей первым мальчиком после двух девочек. Происходит из подрода[уточнить] Таз-Бұлбұл рода Каракесек племени аргын.[2]
В 1976—1991 годах — лётчик-испытатель ОКБ имени Микояна. За время работы освоил более 50 типов самолётов. Работал в Крыму по тематике самолётов корабельного базирования. Первым в СССР совершил беспосадочный полёт в район Северного полюса и с двумя дозаправками в воздухе. 1 ноября 1989 года произвёл вторую в истории посадку (первую за полтора часа до него выполнил Виктор Пугачёв на Су-27К)[3] и в тот же день — первый в истории отечественной авиации взлёт истребителя (МиГ-29К) с палубы тяжёлого авианесущего крейсера «Тбилиси».[4]
2 октября1991 года стартовал в космос вместе с Александром Волковым (командир экипажа при старте) и австрийским космонавтом Францем Фибёком в качестве космонавта-исследователя космического корабля «Союз ТМ-13»[6]. В течение недели работал на борту орбитального комплекса «Мир». Продолжительность пребывания в космосе составила 7 дней 22 часа 13 минут. 10 октября1991 года возвратился на Землю вместе с Анатолием Арцебарским (командир при посадке) и австрийским космонавтом Францем Фибёком на борту космического корабля «Союз ТМ-12».
Поскольку Токтар Аубакиров совершил космический полёт, уже имея звание Героя Советского Союза[7], а повторные награждения «Золотой Звездой» с 1988 года были отменены, за свой единственный полёт в космос он был награждён орденом Октябрьской Революции.
До 1991 года жил в городе Жуковский Московской области. После распада СССР живёт в Казахстане. Находится на государственной службе[уточнить]. С апреля 1992 года — первый заместитель председателя Государственного комитета по обороне Республики Казахстан, помощник президента Казахстана по освоению космоса.
Перед избранием в парламент — генеральный директор Национального аэрокосмического агентства Республики Казахстан в городе Алма-Ате. 24 октября2009 года Токтар Аубакиров, первый казахский космонавт, выступая на съезде новой оппозиционной политической силы — Общенациональной социал-демократической партии «Азат» — в Алма-Ате, так пояснил своё вхождение в объединённую партию оппозиции:
«Хочу считать, что сегодня наступил день, о котором мечтал простой народ. Сегодня — исторический день. Многие люди ждали, когда объединятся две ведущие оппозиционные партии Казахстана. Я долго ждал этого момента. Это было моей мечтой. Я долго ждал появления народной партии, чтобы вступить туда. Я долго искал свою партию. И вот я её наконец нашёл».
Как это так, я своего брата должен убивать? Я не могу. Давайте тогда прибегнем к помощи тех, с кем мы заключили договор ...договор ОДКБ, ...войска ОДКБ...[11]
↑Кавалеры ордена Славы трёх степеней: Краткий биографический словарь / Пред. ред. коллегии Д. С. Сухоруков. — М.: Воениздат, 2000. — 703 с. — 10 000 экз. — ISBN 5-203-01883-9. — С.679.
И. А. Маринин, С. Х. Шамсутдинов, А. В. Глушко (составители). Советские и российские космонавты. 1960—2000 / Под редакцией Ю. М. Батурина. — М.: ООО Информационно-издательский дом «Новости космонавтики», 2001. — ISBN 5-93345-003-0.
Айбын. Энциклопедия. / Бас ред. Б.Ө.Жақып. — Алматы: «Қазақ энциклопедиясы», 2011. — 880 бет. ISBN 9965-893-73-X. — С.128.