Летом 1879 года вторично ездил за границу, посетил Загреб, Белград, Хорватское приморье. В январе 1881 года успешно защитил в Петербургском университете диссертацию «Начертание славянской акцентологии» на звание магистра и 19 октября 1881 года был утверждён экстраординарным профессором, а 2 сентября 1882 года — ординарным профессором Нежинского института с чином статского советника; 15 мая 1883 года награждён орденом Св. Станислава 2-й степени[5]. Одновременно, в 1883—1886 годах, был учёным секретарём института. В мае 1886 года защитил в Петербургском университетедокторскую диссертацию «Грамматические заметки».
В 1886 году переведён на должность экстраординарного профессора по кафедре славянской филологии Императорского Московского университета, которую занимал до конца своей жизни, в течение 35 лет [4]. В 1889 году вторично был утверждён ординарным профессором и с апреля этого года исполнял обязанности декана историко-филологического факультета.
С 1 января 1900 года — действительный статский советник. В 1905 году, по истечении 30-летнего срока службы по ведомству народного просвещения, Брандт был выведен за штат Московского университета, продолжая читать лекции и вести практические занятия. В 1911 году Брандту было присвоено звание заслуженного профессора Московского университета[4].
Неоднократно писал критические статьи в специальных изданиях, в частности в журналеА. А. Хованского «Филологические записки» и варшавском издании «Русский филологический вестник». Неоднократно публиковался под литературным псевдонимом «Орест Головнин»: «Басни переводные, подражательные и оригинальные» (1899), «Басни (свои перепевы и переводы)» (1910) и др.
Роман Фёдорович Брандт скончался 2 марта 1920 года в Москве.
Общественно-научная деятельность
С марта 1904 года — член Комиссии по вопросу о русском правописании, под председательством президента ИАН[6].
Председатель Русского библиографического общества при Московском университете (1910—1920).
Почётный член Русского библиографического общества (1913).
Грамматические заметки / статьи Романа Брандта. — Варшава: в типографии Михаила Земкевича, 1886. — [2], 26 с.
Грамматические заметки (СПб., 1886, докт. дисс.);
Несколько замечаний об употреблении иностранных слов: Речь, сказанная на годичном акте Нежин. ист.-филол. ин-та проф. Романом Брандтом. — М., 1883. — [2], 23 с. — Извл. из т. 8 Известий Ист.-филол. ин-та кн. Безбородко в Нежине.
Об этимологическом словаре Миклошича. — Варшава: тип. М. Земкевича, 1887. — [2], 40 с.
Петровская реформа азбуки. — М.: Тип. Синодальная, 1910. — 8 с.
Введение в славянскую филологию: Лекции, читанные в 1912/13 г. на курсах, основанных В. А. Полторацкой, проф. Р. Ф. Брандтом. — М.: [б. и.], 1912. — 134 с.
Ломоносов как филолог и поэт. — М.: Тип. Моск. Имп. ун-та, 1912. — 24 с.
Волков В. А., Куликова М. В., Логинов В. С. Московские профессора XVIII — начала XX веков. Гуманитарные и общественные науки. — М.: Янус-К, 2006. — С. 35. — 300 с. — 2000 экз. — ISBN 5—8037—0318—4.
Лаптева Л. П. БРАНДТ Роман Фёдорович // А. Ю. Андреев, Д. А. Цыганков Императорский Московский университет: 1755—1917 : энциклопедический словарь. — М.: Российская политическая энциклопедия (РОССПЭН), 2010. — С. 93—94. — ISBN 978-5-8243-1429-8.