С. М. Гончаров — потомок известной дворянской семьи Гончаровых. Его прадед Н. А. Гончаров являлся отцом Н. Н. Пушкиной. С. М. Гончарову принадлежала родовая усадьба Гончаровых в Большом Палашёвском переулке, перестройка которой стала одной из первых самостоятельных работ архитектора[1].
С 1879 по 1886 годы учился Московском училище живописи, ваяния и зодчества, окончив его со званием классного художника архитектуры. По всей видимости, выполнять заказы начал ещё в период обучения — в 1911 году Гончаров праздновал 25-летие своей архитектурной деятельности[2]. После окончания училища был назначен участковым архитектором. С 1894 года состоял почётным старшиной при Московском совете детских приютов с обязанностью бесплатно выполнять архитектурные работы по приютам. С 1895 года — почётный старшина Долгоруковского приюта[3]. В 1898—1904 годах служил техником Строительного отделения Московского Губернского Правления[4]. Имел собственную архитектурную контору, в которой работал архитектор С. Д. Кучинский. После октябрьской революции имел лишь случайные архитектурные заказы[1].
Гончаров серьёзно увлекался живописью, что выразилось в декоративности многих его построек. Отец художницы Н. С. Гончаровой[1]. С 1910 года жил в собственном доме в Трёхпрудном переулке, 2[3].
Отделка Аукционного зала Общества Сельских хозяев и ресторана при нём (1901, Москва);
Выставочное здание с манежем для конных аукционов Хемледельческой школы Императорского Общества сельского хозяйства (1902, Москва, Земледельческий переулок, 20), перестроено;
↑Архитекторы и инженеры строительных отделений губернских и областных правлений России и городовые архитекторы // Архитектурные мотивы. — 1901. — № 9. — С. 37.
↑Нащокина, М. В. Московская архитектурная керамика. Конец XIX — начало XX века. — М.: Прогресс-Традиция, 2014. — С. 507. — 560 с. — ISBN 978-5-89826-434-5.
Зодчие Москвы времени эклектики, модерна и неоклассицизма (1830-е — 1917 годы): илл. биогр. словарь / Гос. науч.-исслед. музей архитектуры им. А.В.Щусева и др. — М.: КРАБиК, 1998. — С. 81—82. — 320 с. — ISBN 5-900395-17-0.
Московская энциклопедия / С. О. Шмидт. — М.: Издательский центр «Москвоведение», 2007. — Т. I, Книга 1. — С. 419. — 639 с. — 10 000 экз. — ISBN 978-5-903633-01-2.