Эрик Деккер проехал свою первую велогонку в 8 лет, а в 15 его пригласили в юниорскую национальную сборную. Главным его достижением в эти годы стало второе место на чемпионате мира 1987 года среди юниоров в Бергамо. Последняя гонка Деккера в качестве любителя также принесла ему серебряную медаль — на этот раз в групповой гонке Барселонской олимпиады. Сразу после неё он подписал контракт с нидерландской командой «Buckler», через 4 года переименованной в «Rabobank». Спустя месяц после олимпиады Эрик победил в первой гонке в профессионалах, опередив на финише этапа Тур де л'АвенирЛэнса Армстронга. В 1994 году он выиграл первую многодневку, Тур Швеции, и впервые проехал Тур де Франс. Через 2 года Деккере выиграл индивидуальную гонку национального чемпионата, позже он дважды повторил этот успех. В 1997 году Эрик победил на Туре Нидерландов, но следующий год был потерян из-за травм. В 2000 году он выиграл на трёх этапах французской супермногодневки, что принесло ему приз самому агрессивному гонщику, а осенью впервые победил на классической велогонке, Классике Сан-Себастьяна. Через год Деккер первенствовал на Амстел Голд Рейс (снова победа в финишном спринте против Армстронга), и выиграл ещё один этап Тур де Франс. Осенью он был близок к медали чемпионата мира как никогда, но стал 4-м. Однако удачные выступления на классиках принесли Деккеру победу в Мировом кубке, а также звание Спортсмена года в Нидерландах. В дальнейшем его успехи пошли на спад, а в 2006 году после тяжёлого падения на Тур де Франс Деккер завершил карьеру.