Поскольку действовавшим в Саксен-Альтенбурге правом не предусматривалось наследование власти преемниками женского пола, после смерти отца Елизаветы Софии в 1639 году в Саксен-Альтенбурге правил его брат Фридрих Вильгельм II. Дядя Елизаветы Софии умер в 1669 году, и ему наследовал его малолетний сын Фридрих Вильгельм III, который также умер в возрасте 15 лет в 1672 году. Со смертью Фридриха Вильгельма III прервалась старшая линия дома Саксен-Альтенбурга по мужской линии, и Елизавета София стала главной наследницей владений.
Её супруг Эрнст Благочестивый заявил о своих претензиях на наследство, имея на то два основания: во-первых, он сам как представитель эрнестинской линии Веттинов приходился родственником угасшему герцогскому дому, во-вторых, он представлял требования своей супруги. Саксен-Веймар также выступил претендентом на наследство, и Саксен-Альтенбург подвергся разделу, причём львиная часть наследства включая город-резиденцию Альтенбург перешла Саксен-Готе. Тем самым была основана новая эрнестинская линия Саксен-Гота и Альтенбург, просуществовавшая до 1825 года.
Елизавета София пережила своего супруга на пять лет и получила вследствие изменения соглашения о вдовьих владениях от 1640 года амты Райнхардсбрунн и замок Теннеберг.
Альбрехт (1648—1699), герцог Саксен-Кобургский, женат на принцессе Марии Елизавете Брауншвейг-Вольфенбюттельской (1638—1687), затем на Сюзанне Елизавете Кемпинской (1643—1717), «графине Швизицкой и Альтенгофской»
