Родился 1 (13) августа 1898 года[2][3] в деревне Карань (позднее переименована в село Трубайловка, ныне район города ПереяславКиевской областиУкраины). С детства оформлял любительские спектакли, играл на скрипке, лепил, рисовал[4].
В 1928 году окончил архитектурный факультет КХИ (учился у П. Ф. Алёшина, А. М. Вербицкого, В. Н. Рыкова и др.). Дипломный проект — профилакторий «Кинь-Грусть» на 500 мест, созданный в стиле конструктивизма. С 1928 года преподавал в КХИ. С конца 1920-х годов активно занимался проектированием и строительством.
В 1933—1940 годах — главный инженер Гражданстройпроекта. В 1937 году — делегат Первого съезда советских архитекторов Украины и Первого Всесоюзного съезда советских архитекторов.
В 1934—1941 годах преподавал в КИСИ (с 1940 года — профессор). В 1940—1941 годах был руководителем Архитектурно-планировочного управления архитектуры Киева, главный архитектор Киева.
В годы Великой Отечественной войны работал в Уфе, где занимался строительством жилых домов и помещений для эвакуированных заводов. В 1943 году был удостоен Почётной грамоты Президиума Верховного Совета Башкирской АССР. Член ВКП(б) с 1944 года.
В 1945—1956 годах — первый президент Академии архитектуры УССР. Сыграл значительную роль в изучении архитектурного наследия Украины, редактировал труды по истории украинского искусства и архитектуры. В 1954 году В. И. Заболотному присуждена степень доктора архитектуры honoris causa.
Среди учеников — архитектор А. М. Милецкий, посвятивший Заболотному тёплые слова в своих воспоминаниях[6], М. М. Агуф.
Комплекс Польского педагогического института и общежитий в Киеве (1934—1935, в соавторстве; осуществлён частично — угол улиц Владимира Винниченко и Обсерваторной);
Павильоны в Парке пионеров в Киеве (1936—1937, руководитель коллектива авторов);
Памятные доски — на здании бывшей гимназии в Переяславе-Хмельницком, где учился В. И. Заболотный, и на доме по Владимирской улице, 22 в Киеве, где он жил.
↑Архітектор Йосип Юлійович Каракіс // Йосип Юлійович Каракіс: Бібліографічний покажчик / Ред. Г. А. Войцеховская, С. С. Артамонова, О. М. Пихур, А. О. Луковська; Отв. за вып. В. М. Чеснок. — Киев: Укрархбудинформ, 2002. — С. 9. — 52 с. — (Видатнi зодчi України). (укр.)
↑Милецкий А. М. Наплывы памяти. — Иерусалим, 1998. — С. 19, 20.
Мастера советской архитектуры об архитектуре. Т. 2. — М., 1975. — С. 423—434.
Apxiтектор В. Г. Заболотний: Біобібліографічний портрет (1898—1962). — Киев: Укрархбудінформ, 1998. (укр.)
Виноградова М., Кальницький М., Малаков Д., Пучков А., Червінський О. Головні та міські архітектори Києва. 1799—1999. — Киев: НДІТІАМ — Головкиївархітектура, 1999. (укр.)