Издание журнала началось в 1916 году, журнал несколько раз менял название и издателей[1][2].
Учредители
Том 1 (1916) — том 2 вып. 3/4 (1917) — Изд. при Зоол. отд. Имп. о-ва любителей естествознания, антропологии и этнографии. Под ред. А. Н. Северцова и В. С. Елпатьевского.
Том 2 вып. 5 (1918) — том 3 (1922) — Изд. при Зоол. отд. О-ва любителей естествознания, антропологии и энтографии. Под ред. А. Н. Северцова.
Том 4 (1924) — 10 (1930) — Глав. упр. науч. учреждениями (Главнаука); с т. 10 (1930) — А. Н. Северцов (ответственный редактор)
В последние годы выходит 12 номеров в год на русском языке[1]. С 1997 по 1999 годы публиковался также на английском языке под названием Russian Journal of Zoology[4]. С сентября 2000 года все статьи по энтомологии из «Зоологического журнала» публикуются в английской версии журнала «Энтомологическое обозрение» (Entomological Review)[5] и часть оставшихся статей в журнале Biology Bulletin[6]. Тираж менялся от 5000 экз. до сотни в последние годы[7].