С возникновением в 1080 годуАрмянского государства в Киликии туда был перемещён престол Католикоса всех армян. С 1147 года резиденция армянского Католикоса была в Ромкле, а с 1282 года в Сисе. С падением армянского Киликийского царства престол Католикоса всех армян в 1441 году из Киликии возвратился в Святой Эчмиадзин, где находится и в настоящее время. Последний Католикос всех армян в Киликии Григор IX (1439—1441) из-за старости и болезни не смог переехать из Киликии в Эчмиадзин, однако поручил Национально-церковному собору, созванному в 1441 году в Вагаршапате избрать нового Католикоса Армянской церкви. Был избран Киракос Вирапеци (1441—1443).
Основания католикосата
Католикос Григор IX продолжал жить в Сисе, столице Киликии, и после его смерти был создан католикосат в рамках границ Киликии — Католикосат великого дома Киликии. Поскольку главный в ААЦ эчмиадзинский престол территориально находился под властью Персии, с оформлением в Османской империи системы миллетов в 1461 году был создан Константинопольский патриархат Армянской апостольской церкви, главе которого как этнарху административно подчиняются все армянские общины Турции. Таким образом, Киликийский и Ахтамарский католикосы, будучи выше Константинопольского армянского патриарха духовной степенью, находились в его административном подчинении.
После геноцида армян в Киликии в 1920 году престол католикоса Киликийского в течение 10 лет переезжал с места на место, а в 1930 году обосновался в Антилиасе, где находится и поныне. Однако престол потерял почти все свои епархии, кроме Берийской, и находился на грани исчезновения. Для сохранения этого исторического престола по просьбе Католикосата всех армян Иерусалимский патриархат ААЦ временно передал во владения Католикосата великого дома Киликии епархии Дамаска и Бейрута, а патриархия Константинополя — епархию Кипра.
Отношения армян Ближнего Востока с Арменией и, соответственно, обоих католикосатов оживились в постсоветский период. В 1995—1999 годах кафедру Католикоса всех армян в Эчмиадзине занимал Гарегин I, ранее бывший католикосом Киликии под именем Гарегина II. С 1995 года киликийским католикосом, преемником Гарегина II (I), является Арам I.
