В апреле 1606 года Лжедимитрий I удалил его с Ростовской кафедры и поставил туда митрополитом Филарета (Романова). Кирилл жил после изгнания в Троице-Сергиевом монастыре[1].
После того как митрополит Филарет был взят в плен поляками, жители Ярославля в 1611—1612 годах снова пригласили к себе митрополита Кирилла, и он до самой своей кончины управлял Ростовской епархией. Имя митрополита Кирилла, во вторичное управление им Ростовскою епархиею, упоминалось в перечислении всех русских иерархов того времени впереди всех других, так как, за смертию патриарха Гермогена, митрополит Кирилл был первым высшим духовным лицом в России[1]. Он выступал при всех важнейших событиях государственной жизни. Благословил Дмитрия Пожарского на поход на освобождение Москвы[3]. Участвовал в приглашении на царство Михаила Фёдоровича, встречал его при въезде в Москву, присутствовал при коронации[1]. На Земском соборе 1613 года подписался вторым об избрании на царство Михаила Фёдоровича[4].
↑Марасанова В. М. Летопись Ярославля: 1010—2010. С-Пб.: ИД «Морской Петербург», 2007. — 360 с; ил.
↑Утвержденная грамота об избрании на Московское государство Михаила Фёдоровича Романова//Воспроизведена Импер. О-ом истории и древностей российск. при Моск. Универс. под набл. С.А. Белокурова. С. Синодальная тип. 1904 г. стр. 22.