Специальный корреспондент ИД «Коммерсантъ» с 1996 года и заместитель генерального директора ОАО «Коммерсантъ» с 2018 года, главный редактор журнала «Русский пионер» с 2008 года. Входит в «кремлёвский пул» журналистов.
В 1996 году перешёл в газету «Коммерсантъ» специальным корреспондентом. В отделе спецкоров с ним работали Наталия Геворкян, Александр Кабаков, Игорь Свинаренко, Глеб Пьяных, Валерий Панюшкин. Для руководства подразделением был приглашён Валерий Дранников, который прервал карьеру журналиста за 19 лет до этого. Дранников так говорил про своих подчинённых: «Свинаренко пишет, что видит. Колесников пишет то, что хочет увидеть. А Панюшкин — то, чего не видел». После экономического кризиса 1998 года эта команда распалась. Андрей Колесников остался единственным спецкором газеты; позже, в 2009 году, Дранников высоко оценил качество его работы[3]:
Нету тех, кто пишет, как это делали мы! Там один Колесо. Всё. Колесников — это 20 % капитализации «Коммерсанта». Вот завтра уйдёт Андрюша из «Коммерсанта», и на 20 процентов «Коммерсантъ» подешевеет. А то и на тридцать.
— Интервью В. Д. Дранникова, 15 декабря 2009 года[3]
Вместе с Наталией Геворкян и Натальей Тимаковой в 2000 году подготовил книгу-интервью с Владимиром Путиным «От первого лица». Автор многочисленных статей о Путине[4].
В 2008 году стал главным редактором журнала «Русский пионер».
В 2012 году назначен исполнительным директором «Коммерсантъ-Холдинга»[5], затем стал заместителем генерального директора ОАО «Коммерсантъ».
Колесников А. И. Путин. Прораб на галерах. — М.: Эксмо, 2017. — 352 с. — ISBN 978-5-699-99416-8.
Колесников А. И. Путин. Стерх всякой меры. — М.: Эксмо, 2017. — 352 с. — ISBN 978-5-04-089014-9.
Колесников А. И. Путин. Человек с Ручьём. Наблюдения журналиста из-за Стенки. — М.: Эксмо, 2018. — 416 с. — (ВВП. Наблюдения кремлёвского журналиста). — ISBN 978-5-04-091416-6.
↑Андрей Ъ-Захарьев.«Запомните их олауреаченными!» Бал прессы (неопр.). «Коммерсантъ» (2 февраля 2004). — Выпуск газеты №17/П. — С. 7. — «Журналистам вручили профессиональные премии». Дата обращения: 21 ноября 2016. Архивировано 21 ноября 2016 года.
↑«Новые русские сенсации»: телевизионная программа. Рубрика «Самые громкие русские сенсации»: двухсерийная телевизионная передача. — Часть I: «Человек Путина»(рус.). www.ntv.ru. НТВ (19 марта 2017). — Видео. Дата обращения: 22 августа 2020. Архивировано 14 июня 2021 года.
↑«Новые русские сенсации»: телевизионная программа. Рубрика «Самые громкие русские сенсации»: двухсерийная телевизионная передача. — Часть II: «Человек Путина. Продолжение»(рус.). www.ntv.ru. НТВ (26 марта 2017). — Видео. Дата обращения: 22 августа 2020. Архивировано 25 сентября 2020 года.