Во время голосований в Госдуме фракция КПРФ занимает преимущественно оппозиционные позиции по экономическим вопросам, внося и голосуя за законопроекты, предусматривающие увеличение социальных обязательств государства и против приватизации предприятий, однако по внешнеполитическим вопросам выступает в поддержку российской власти.
На выборах 1993 года федеральный список КПРФ получил 12,40 % голосов (32 места), с учётом одномандатных округов в Думу прошли ещё 13 кандидатов от КПРФ. 13 января 1994 года депутатская фракция КПРФ была зарегистрирована. Численность фракции КПРФ на 17 января 1994 года составила 45 депутатов: 32 избранных по общефедеральному списку и 13 избранных по одномандатным округам.
На пост Председателя Государственной Думы 13 января фракция выдвинула беспартийного члена фракции В. Ковалёва, который снял свою кандидатуру в пользу И. Рыбкина (АПР). При рейтинговом голосовании кандидатуру Рыбкина поддержали все 45 членов фракции.
В утверждённом 17 января 1994 года Коалиционном списке фракция получила должности заместителя председателя Думы (В. Ковалёв), председателей комитетов по безопасности (В. Илюхин), по делам общественных объединений и религиозных организаций (В. Зоркальцев), 7 заместителей председателей Комитетов и председателя Мандатной комиссии (В. Севастьянов). 16 членов фракции проголосовали против коалиционного списка, выразив солидарность группе «Российский путь», а Т. Плетнёва даже подписала заявление этой группы, в котором проголосовавшие за список обвинены в пособничестве антинародной политике.
5 января 1995 года Валентин Ковалёв был назначен министром юстиции РФ, за что 10 января 1995 года был исключён из фракции.
При голосовании пакета документов об объявлении амнистии участникам событий августа1991 и сентября-октября 1993 фракция вместе с АПР настаивала на варианте без отмены парламентского расследования октябрьских событий. 10 депутатов проголосовали только за такой вариант амнистии, 33 — за оба варианта.
18 января 2000 года фракция была зарегистрирована в составе 95 депутатов. Часть из депутатов, прошедших от КПРФ, перешли в Агропромышленную депутатскую группу.
9 января 2000 года фракция выдвинула на пост председателя Думы кандидатуру Геннадия Селезнёва. 18 января 2000 года Селезнёв был избран председателем. По пакетным соглашениям фракция получила посты председателей 9 думских комитетов и Мандатной комиссии.
Весной 2002 года проправительственное большинство (фракции «Единство» и «Отечество», группы «Народный депутат» и «Регионы России») лишило коммунистов и их союзников из Агропромышленной группы большинства руководящих постов в комитетах. В ответ на пленуме ЦК КПРФ было решено в знак протеста отозвать со своих постов всех оставшихся председателей комитетов и спикера Госдумы Селезнёва. Геннадий Селезнёв, Светлана Горячева и Николай Губенко отказались подчиниться решению, за что были исключены из фракции, а затем из партии.
