Родители были репрессированы в Ленинграде. Во время войны эвакуирован c детдомом в Сибирь. До 1953 года скитался по России, потом вернулся в Ленинград, к выпущенной из мест заключения матери.
С 1984 года работал доцентом кафедры живописи Института живописи, скульптуры и архитектуры им. И. Е. Репина Академии художеств СССР (Ленинград), где одновременно руководил мастерской театрально-декорационного искусства на факультете живописи[2].
В 1987 году присвоено звание народного художника РСФСР.
В 1988 году избран членом-корреспондентом, а в 1991 году — действительным членом Академии художеств СССР.
К 70-летию художника в Мраморном дворце Санкт-Петербурга прошла ретроспективная выставка «Эдуард Кочергин. Сценография»[3].
В 2017 году в Государственном Эрмитаже открылась выставка «Кочергин. Избранное», посвящённая восьмидесятилетию художника[4].
В качестве руководителя мастерской театрально-декорационного искусства на факультете живописи (с 1983 года) Кочергин воспитал плеяду российских театральных художников — выпускников Института живописи, скульптуры и архитектуры им. И. Е. Репина (Санкт-Петербургской Академии художеств им. Ильи Репина).
В книгах Кочергина на основе личного опыта отражены некоторые стороны жизни в Ленинграде и СССР во второй половине XX века и немного раньше. В его произведениях прослеживаются две основные темы. Первая из них — описанная с пониманием и сочувствием жизнь обездоленных в тяжёлое военное и первое послевоенное время, как сохранивших достоинство (репрессированные, включая детей врагов народа), так и ведших асоциальный образ жизни городских низов (спившиеся инвалиды, в том числе инвалиды войны; осиротевшие девочки, вынужденные зарабатывать проституцией и др.) (книги «Ангелова кукла», «Крещенные крестами», «Завирухи Шишова переулка»). Вторая тема — изображенная с юмором жизнь художественной интеллигенции Ленинграда, в частности — театральных коллективов, где работал художник («Записки Планшетной крысы»). «Радио России — Санкт-Петербург» неоднократно транслировало литературные чтения книг Кочергина. В БДТ по книге «Крещенные крестами» поставлен спектакль.
Орден «За заслуги перед Отечеством» III степени (21 февраля 2008) — за большой вклад в развитие отечественного театрального искусства и многолетнюю творческую деятельность[10]
Орден Почёта (26 марта 2018) — за большой вклад в развитие культуры, искусства и средств массовой информации, многолетнюю плодотворную деятельность[14]
Государственная премия СССР (1984) — за оформление спектаклей «Царь Фёдор Иоанович», «Смерть Иоанна Грозного», «Царь Борис» А. Толстой
Серебряная медаль Международной триеннале сценографии и костюма в Нови-Саде (Югославия, 1975 — за макет к спектаклю «Монолог о браке» Э. Радзинского
Золотая медаль Международной триеннале сценографии и костюма в Нови-Саде (Югославия, 1978 — за декорации к спектаклю «История лошади» в БДТ им. М. Горького
Серебряная медаль Международной квадриеннале сценографии и костюма в Праге (Чехословакия, 1979) — за макеты к спектаклям «Возвращение на круги своя» И. Друце и «Ревизская сказка» по Н. Гоголю
Премия «Золотая Трига» Международной квадриеннале сценографии и костюма (Прага, Чехословакия, 1976)
