В течение нескольких лет он находился в опале у Наполеона вследствие усердия, с которым защищал своего бывшего соратника, генерала Моро. Только в 1809 году он был вновь призван на службу в Италию, где командовал корпусом. За сражение при Ваграме пожалован маршалом.
На нижнем течении Двины Макдональд с 30 000 наблюдает за Рижским гарнизоном, насчитывающим 10 000 человек. Правда, в сентябре подходят из Финляндии ещё 12 000 человек под командой Штейнгейля, однако они недолго остаются в Риге и переходят к П. Х. Витгенштейну.
В 1813 году на реке Кацбахбыл разбит Силезской армией Блюхера.
После отречения Наполеона он был назначен пэром Франции; во время Ста дней удалился в свои поместья, чтобы не нарушать присягу и не противодействовать Наполеону.
После второго занятия Парижа союзными войсками на Макдональда возложено было тяжкое поручение — распустить отступившую за Луару наполеоновскую армию.