Исторически территория епархии входила в состав Астраханской епархии. После образования в 1842 году Ставропольской епархии территория нынешней Махачкалинской епархии вошла в её состав.
26 декабря 2012 года решением Священного Синода была образована самостоятельная Махачкалинская епархия, выделенная из состава Владикавказской епархии, с центром в Махачкале и с включением в её состав приходов и монастырей в Дагестане, Ингушетии и Чечне. С 27 января епархией управляет архиепископ Варлаам (Пономарёв).
5 октября 2015 года епископ Махачкалинский и Грозненский Варлаам возглавил крестный ход в городе Кизляр, ставший первым в Дагестане в новейшей истории. Крестный ход, приуроченный к празднованию 1000-летия преставления равноапостольного князя Владимира и к 280-летию со дня основания города, собрал около 1 тысячи православных верующих, которые прошли в общей сложности около трех километров[2].
храм во имя Иверской (Моздокской) иконы Божией Матери — г. Махачкалы (на территории исправительной колонии № 2 УФСИН России по РД в поселке Загородный)
1 РПЦ заявила о передаче этих епархий из УПЦ (МП) в непосредственное подчинение Патриарху Московскому и всея Руси, УПЦ (МП) данное решение не признала 2 Московская епархия не входит в состав Московской митрополии 3 Благочиния Пятигорской епархии, расположенные на территории Ставропольского края (в Минераловодском, Предгорном и Кировском районах), включены в состав Ставропольской митрополии
4 Епархия учреждена Священным синодом РПЦ. УПЦ (МП) данное решение не признала и рассматривает эту епархию как часть Херсонской епархии
1 РПЦ заявила о передаче этих епархий из УПЦ (МП) в непосредственное подчинение Патриарху Московскому и всея Руси, УПЦ (МП) данное решение не признала 2 Московская епархия в состав Московской митрополии не входит
3 Ставропольская митрополия также включает благочиния Пятигорской епархии, расположенные на территории Ставропольского края (в Минераловодском, Предгорном и Кировском районах)