Село расположено на правом берегу реки Терек, в 25 километрах к югу-востоку от районного центра — села Знаменское и в 42 км к северо-западу от города Грозный.
В окрестностях села Макен-Юрт имеются следующие микротопонимы[24][25]:
Аьхкина барз — «Раскопанный курган». Средневековый курганный могильник, расположенный к востоку от Мекен-Юрта.
Шонгин боьра — «Шонгина балка». Урочище к востоку от Мекен-Юрта. Шонга — редкое чеченское мужское имя.
Элашханан тогӏи — «Долина Элашхана». Урочище к востоку от Мекен-Юрта.
Сенмаӏашка — «К оленьим рогам». Урочище в лесу между селениями Кень-Юрт и Мекен-Юрт.
Чурт дегӏе — «К стеле». Урочище в районе Сенмаӏашка, к востоку от Мекен-Юрта.
Памятник воинам, погибшим в Великой Отечественной войне 1941-1945 годы. Установлен перед Мекен-Юртской средней школой.
Муьжгийн мохк — «Мужицкая земля». Большой участок земли, который в прошлом веке был передан переселенцам из центральных губерний Российской империи.
Элийн мохк — «Княжеское владение». Земли к юго-западу от Мекен-Юрта.
Iажаркхан тогӏи — «Осоки долина». Долина к востоку от Мекен-Юрта.
Цӏийдарийн тогӏи — «Марены долина». Живописная долина к востоку от Мекен-Юрта. «Цӏийдар (ш)» — марена, из которой мекенчане вырабатывали красильные вещества.
Шидин мохк — «Шиды земли». Шида офицер царской армии.
Хьакхин орамашка — «К свиным корням». К северо-западу от Мекен-Юрта. «Хьакхин орам» — корни трав, которыми питаются дикие кабаны.
Наж хьун — «Дубовый лес». Дубовая роща на правом берегу реки Терек.
Зеламханан тогӏи — «Зелимхана долина». Долина на северо-восточной стороне от Мекен-Юрта. Зеламха (Зелимхан) — собственное чеченское имя, производное от Селимхана.
Бухбоцу Iам — «Бездонное озеро». Озеро к востоку от Мекен-Юрта. Название «Бездонное» показывает, что местные жители обычными средствами не могли достичь дна озера.
Iаьржа Iам — «Черное озеро». Озеро к востоку от Мекен-Юрта. Название дано по цвету воды в озере.
Макан кӏотар — «Макан хутор». Ныне село Подгорное к востоку от Мекен-Юрта, между Кень-Юртом и Мекен-Юртом. Здесь селились жители сёл Мекен-Юрт и Кень-Юрт.