Участвовал в чине свадьбы царя и своей племянницы Марии Фёдоровны Нагой в 1581 году, вместе с Б. Ф. Годуновым был в дру́жках у царицы. После смерти Ивана Грозного, в 1584 году сослан в Казань и был там одним из воевод "на выласке".
Послан в ноябре 1584 года 2-м воеводой в "новый Царёв город" на реке Кокшага (сов. Йошкар-Ола), 2-й воевода в Казани в 1586 году.
Руководитель строительства Уфимской крепости в 1586 году, которая получила статус города и стала административным центром Уфимского уезда.
После воцарения на престол Василия Шуйского, в мае 1606 года понижен из бояр в окольничие. Осенью того же года участвовал в битве под Кромами в составе полков боярина и воеводы Ю. Н. Трубецкого против Ивана Болотникова. Полк Нагого накануне битвы взял верх над восставшими, однако, в целом, битва обернулась для Шуйского серьёзным поражением. Послан против сторонников Лжедмитрия II 2-м воеводой к Болхову.
После свержения Шуйского, Нагой вместе с дальним родственником постельничим С. Шапкиным приводил к присяге в 1610 году служилых людей, находившихся в лагере Я. П. Сапеги. Вероятно, член «Семибоярщины» (1610–1612 годы).
В начале 1611 направлен к П. П. Ляпунову в составе посольства от «Семибоярщины» (вместе с архимандритом Чудова монастыря, протопопом Спасского собора и несколькими польскими офицерами), в задачу которого входило приостановить начатое Ляпуновым формирование Первого ополчения 1611 года. Вероятно, с этим связано и упоминание о грамоте от Нагого из Каширы в Переяславль-Рязанский к Ляпунову с призывом «быти с нами одномышленным».
В июне 1611 Нагой выдавал полякам «платья» из царской казны.
7 июля2007 года на улице Башкирская посёлка 8-е марта города Уфа был установлен памятник М. А. Нагому[5][6]. Статуя воеводы, изготовленная по сохранившейся в музее литографии, была размещена на кирпичном постаменте, на котором была высечена надпись «Основателю Уфы воеводе Нагому Михаилу Александровичу от благодарных уфимцев».
↑ 123Автор-сост. В.В. Богуславский. Славянская энциклопедия XVII век. (в 2-х томах). Том. II. Изд: ОЛМА-Пресс. Красный пролетарий. М. 2004 г. М.А. Нагой Меньшой. стр. 6-7. ISBN 5-85197-167-3.