Предки Назарова были родом из сельской местности Брянской губернии, где, в частности, проживали его тётки, одна из которых, по словам Юрия Норштейна, воспитала в Назарове талант рассказчика[4]. Его родители встретились в Москве будучи студентами: мать училась в Торфяном, отец — в Гидрометеорологическом институте. Появился на свет 23 ноября 1941 в бомбоубежище в самый разгар Битвы за Москву[5]. С детства увлёкся рисованием. С Норштейном его свела судьба ещё в девятом классе; вместе они занимались в художественной школе под руководством В. И. Апановича[4].
С 1959 года работал на «Союзмультфильме». Не успев подать документы на подготовительные курсы мультипликаторов, поступил на курсы художников-прорисовщиков при студии, где, по собственному признанию, проучился «дня два или три», после чего перешёл в группу Бориса Степанцева. Первой работой Назарова стал «Мурзилка на спутнике»[6].
Вскоре его призвали в армию. Отслужив три с половиной года в группе советских войск в ГДР, вернулся на студию и продолжил работать прорисовщиком, параллельно осваивая профессию мультипликатора. В 23 года дебютировал в качестве ассистента Михаила Цехановского на его картине «Почта», однако был вычеркнут из титров за то, что пошёл сдавать вступительный экзамен в Строгановское художественно-промышленное училище, которое впоследствии окончил[6][7].
В 1965 году был принят в группу Фёдора Хитрука в качестве ассистента художника-постановщика Сергея Алимова для работы над фильмом «Каникулы Бонифация». Участвовал в создании большинства картин Хитрука сначала как художник, затем — как художник-постановщик; в частности, Назаров придумал образ Винни-Пуха для одноимённого мультфильма. Также в составе группы создал мультипликационные вставки для ряда художественных фильмов[6].
С 1973 года работал самостоятельно в качестве режиссёра. Поставил восемь короткометражных картин, часто совмещая функции художника-постановщика, мультипликатора, сценариста и актёра озвучивания. Входил в состав художественного совета «Союзмультфильма»[8]. Уже перестроечную обстановку на студии он называл «чем-то средним между изолятором с удушливыми выхлопами и „Раковым корпусом“» и работать там, согласно Норштейну, физически не мог[4].
С 1979 по 2000 год преподавал на Высших курсах сценаристов и режиссёров. В 1993 году организовал школу-студию мультипликаторов-режиссёров «ШАР» совместно с Андреем Хржановским, Фёдором Хитруком, Юрием Норштейном.
Соавтор и ведущий телепрограмм «Анимация от А до Я» (1996—98, REN-TV), «Мир анимации или анимации мира» (1999—2001), снимался в документальных сериалах «Союзмультфильм — сказки и были» (серия «Весёлые сказки о грустном», 2003), «Фабрика чудес» (серия «Художник-постановщик», 2006), «Невесомая жизнь» (2006), документальном фильме «Русская магия» (2004).
С 1991 года — президент (с Давидом Черкасским) Международного Фестиваля Мультипликационных фильмов «КРОК». Вице-президент АСИФА с 1987 по 1999 год[8]. Вместе с Юрием Норштейном участвовал в проекте Юрия Красного по созданию мультипликационного фильма на основе рисунков детей-инвалидов. С 2004 года был председателем худсовета студии «Пилот», а после смерти Александра Татарского в августе 2007 года занял пост художественного директора. Участвовал в создании цикла «Гора самоцветов» в качестве художественного руководителя, сценариста и актёра; кроме того, сам поставил несколько фильмов, впервые с 1987 года.
Лауреат Государственной премии РСФСР (1988)[8]; Премии Президента Российской Федерации в области литературы и искусства за произведения для детей и юношества (2014)[9]. В 2012 году на XVII церемонии Открытого фестиваля в Суздале его мультфильм «Жил-был пёс» (1982) возглавил сотню лучших отечественных мультфильмов по мнению ста профессионалов индустрии[10].
Болезнь и смерть
Режиссёр продолжительное время испытывал проблемы с сосудами, страдал от диабета и незадолго перед смертью пережил ампутацию ноги[11].
Норштейн Ю. Б. Всё это было бы смешно… (О мультипликац. фильмах Э. В. Назарова) // Искусство кино, № 10, 1991. — с. 136—147.
Сотворение фильма, или Несколько интервью по служебным вопросам: о фильмах, о «Союзмультфильме» и о себе рассказывают, беседуют, спорят: драматурги, режиссеры, художники, композиторы, актеры, операторы / обрала, смонтировала и прокомментировала Н. Венжер. — Москва: Всесоюз. творч.-произв. об-ние «Киноцентр», 1990.