Сын Альберто д’Эсте и его любовницы Изотты Альбарезани. Был признан законнорождённым после свадьбы родителей и наследовал владения отца.
До совершеннолетия правил под опекой Венеции, Флоренции и Болоньи.
Свои права на Феррару предъявил Аццо X д’Эсте, генерал миланского герцога Джан Галеаццо Висконти. Началась война, в ходе которой Аццо попал в плен к Асторе Манфреди и был вынужден отказаться от своих притязаний.
В 1403 году Никколо III д’Эсте присоединился к лиге противников Милана и был назначен капитаном-генералом армии папы Бонифация IX.
В 1405 году отдал Венеции земли рядом с родовым замком Эсте. Не желая вступать в войну с Миланом, в 1420 году уступил Парму Филиппо Марии Висконти.
Семья
В 1397 году Никколо III д’Эсте женился на Жильоле да Каррара, дочери падуанского правителя Франческо II (умерла от чумы в 1416). Детей не было.
В 1418 году женился вторым браком на Паризине, дочери Андреа Малатеста. В 1425 году уличил жену в любовной связи со своим незаконнорождённым сыном Уго и приказал их казнить (хотя очень любил обоих).
Альберто д’Эсте (1415—1502), сын Филиппы делла Тавола
Изотта д’Эсте (1425—1456), дочь Филиппы делла Тавола, мужья — Оддантонио Монтефельтро и Стефан Франжипани
Беатриса д’Эсте (1427—1497), в первом браке за Никколо де Корреджио, во втором за Тристаном Сфорца, незаконнорождённым сыном Франческо Сфорца, сеньором Салисето, Носето и Лусураско
Ринальдо д’Эсте (1435—1535), сеньор Остеллато, сын Анны де Роберти