↑ Количество игр и голов за профессиональный клуб считается только для различных лиг национальных чемпионатов, обновлено по состоянию на 26 апреля 2024 года.
↑ Количество игр и голов за национальную сборную в официальных матчах.
Нильсен начал свою профессиональную карьеру в молодёжной команде клуба «Волеренга» в 2007 году. 5 октября 2009 года в матче против «Викинга» он дебютировал за основной состав в Типпелиге[3], выйдя на замену в конце встречи. С сезона 2011 года Нильсен стал основным футболистом команды. 19 марта в поединке против «Викинга» он забил свой первый гол за клуб[4]. 11 июля 2012 года во встрече против «Одд Гренланд» Ховард сделал хет-трик[5].
В начале 2014 года Ховард на правах аренды перешёл в немецкий «Айнтрахт» из Брауншвейга. 26 января в матче против бременского «Вердера» он дебютировал в Бундеслиге[8]. 25 марта в поединке против «Майнц 05» Нильсен забил свой первый гол за новый клуб[9]. По окончании сезона «Айнтрахт» вылетел в во вторую Бундеслигу, но Ховард остался в команде. Летом 2015 года он вернулся в «Ред Булл».
В начале 2016 года Нильсен перешёл во «Фрайбург»[10]. 5 февраля в матче против «Бохума» он дебютировал за новую команду[11]. По итогам сезона Ховард помог клубу выйти в элиту. 10 декабря в поединке против «Дармштадт 98» он дебютировал за команду в Бундеслиге[12].
Летом 2017 года Нильсен перешёл в дюссельдорфскую «Фортуну», подписав контракт на три года[13]. 31 июля в матче против своего бывшего клуба брауншвейгского «Айнтрахта» он дебютировал за новую команду[14].
8 января 2019 года Ховард Нильсен на правах аренды перешел в «Дуйсбург»[15]. 26 июля 2019 года Нильсен на два года подписал контракт с клубом Второй Бундеслиги «Гройтер Фюртом»[16].