Создание академии воскресило деятельность известных в своё время двух медицинских ученых организаций Франции: Королевской академии хирургии («Académie royale de chirurgie»; основано в 1731 году) и Королевского медицинского общества («Société royale de médecine»; основано в 1776 году), низвергнутых во время так называемой Великой французской революции.
Парижская медицинская академия развернула свои силы особенно с 1835 года, когда был утверждён устав организации, по которому и теперь действует, издавая ежегодно свой «Bulletin» и свои труды под названием «Mémoires».
Уже в начале XIX века акадения разделялась на одиннадцать секций и имела почётных членов, действительных членов (более трёхсот под именем associés libres nationaux et étrangers) и членов-корреспондентов.
Название
За время существования академия сменила несколько названий: