С 1982 года — кандидат исторических наук, диссертация «Позиция основных социально-политических организаций ФРГ по проблемам соучастия трудящихся в управлении экономикой». С 1995 — доктор политических наук, диссертация «Политическая культура: вопросы теории и методологии: Опыт России и западная наука». 30 мая 1997 года избран членом-корреспондентомРАН по Отделению истории (российская история); с 25 мая 2006 — академик (действительный член РАН) по Отделению историко-филологических наук[6].
С 1998 по 2015 год — директор ИНИОН РАН[7], одновременно заведующий отделом политологии и правоведения ИНИОН. Под руководством Ю. С. Пивоварова в ИНИОНе осуществлялось развитие и совершенствование Государственной системы научно-технической информации по общественным наукам[8][9].
Отстранён от руководства учреждением после пожара в январе 2015 года, уничтожившего значительную часть фондов библиотеки ИНИОН. С конца апреля 2015 года занимает должность научного руководителя Института[4], с 30 апреля 2015 года находился под следствием по обвинению в халатности[15].
24 марта 2017 года Пивоварову было предъявлено обвинение в мошенничестве[16]. По версии следствия, несколько сотрудников института, которым руководил Пивоваров, получали заработную плату, фактически не выполняя никакой работы[16]. Таким образом, по версии следствия, Пивоваров в составе преступной группы похитил 1,5 млн руб. в течение 10 лет[16].
В 2018 году Пивоваров комментировал обвинения следующим образом: «МЧС провело проверку и сказало: „Нет, не виноват“. Потом начались разные другие обвинения: мошенничество, присвоение каких-то денег. Сейчас закончено очередное уголовное дело. Мне уже инкриминируется шестая по счету статья. Я в этом смысле, думаю, рекордсмен! Был бы человек, а статья найдется. Они подыскивают дела. Видимо, есть какой-то заказ на меня»[17].
Летом 2018 года следствие разрешило Пивоварову выехать за границу на лечение. Он проходил лечение в Израиле, а затем переехал в Германию[18].
Научная деятельность
Сфера научных интересов: политическая наука, история, юриспруденция.
Основные направления исследований: история русской общественно-политической мысли, история политической культуры и государственности России, сравнительно-исторический анализ политической мысли и политической культуры России и Запада, теория и методология гуманитарного знания[3].
Немного зная ситуацию в современной российской социогуманитарной науке, могу сказать: быть сегодня верным «исторической правде» — это соответствовать очередному указанию из Кремля и по поручению оттуда менять позицию. Диалектика! Главное: угадывать, что от тебя хотят услышать. Назвать 1930-е годы «сталинской модернизацией» — значит, хранить верность «исторической правде», а эпохой тотального террора (например) — попасть в фальсификаторы.
Общественно-политические взгляды О. фон Нелль-Бройнинга. — М.: ИНИОН АН СССР, 1985;
Общественно-политические взгляды Р. фон Вайцзеккера. — М.: ИНИОН АН СССР, 1986;
Католическая и протестантская этика в буржуазном праве. — М.: ИНИОН АН СССР, 1987;
Политическая культура пореформенной России. — М.: ИНИОН РАН, 1994. — 217 с.
Зарубежная политическая наука: методология, обучение, анализ политических процессов. М., 1994 (редактор);
Политическая культура: методологический очерк. — М.: ИНИОН РАН, 1996;
Очерки истории русской общественно-политической мысли XIX — первой трети XX столетия. — М.: ИНИОН РАН, 1997;
Международный терроризм и право. — М., 2002 (редактор);
Полная гибель всерьёз. — М.: РОССПЭН, 2004. — ISBN 5-8243-0416-5 (в книге собраны работы, посвященные истории русской мысли, русского государства, русской культуры, а также политико-антропологический очерк о немецком философе Карле Шмитте и эссе памяти профессора Н. Н. Разумовича);
Русская политика в её историческом и культурном отношениях. — М.: РОССПЭН, 2006. — ISBN 5-8243-0726-1;
Русская политическая традиция и современность. — М.: ИНИОН РАН, 2006. — ISBN 978524800263;
Парламентаризм в России и Германии: история и современность. — М., 2006 (в соавт.);
Русское настоящее и советское прошлое. — М.: Центр гуманитарных инициатив; Университетская книга, 2014. — 336 с. — 1000 экз. — ISBN 978-5-98712-202-0.[22]
Русская Система // Рубежи. 1995. № 1-6 (в соавт. с А. И. Фурсовым);
Русская система // Политическая наука. М., 1997. Вып. 3 (совм. с А. И. Фурсовым);
Русская Система: генезис, структура, функционирование (тезисы и рабочие гипотезы) // Русский исторический журнал. 1998. Т. 1. № 3 (в соавт. с А. И. Фурсовым);
Русская власть, русская система, русская история // Красные холмы: альманах. — М.: Издательский дом «Городская собственность», 1999 (в соавт. с А. И. Фурсовым);
Русская система и реформы // Pro et contra. Проблемы глобализации. Т. 4. — M., 1999 (в соавт. с А. И. Фурсовым);
«Русская система» как попытка понимания русской истории // ПолИс. 2001. № 4 (в соавт. с А. И. Фурсовым);
Между казачеством и кнутом (к столетию русской конституции и русского парламента) // ПолИс. 2006. № 2;
Истоки и смысл русской революции // ПолИс. 2007. № 5;
Русская политическая мысль как предпосылка русской политической науки // Политическая концептология. 2009 № 3.
↑Веденеева Н.Директора ИНИОНа Юрия Пивоварова вынудили написать заявление об уходе? (неопр.) Московский комсомолец (24 апреля 2015). — «Несмотря на то, что Юрий Пивоваров неоднократно информировал руководство Академии наук о необходимости совершенствования противопожарного оборудования в институте, он оказался крайним, на кого в итоге посыпались обвинения. …Перед Юрием Сергеевичем <…> поставили ультиматум: либо его увольняют «по статье», либо он уходит сам с переходом на должность научного руководителя. Пивоваров выбрал второе». Дата обращения: 28 апреля 2015. Архивировано 26 апреля 2015 года.