Около 280 года Папа бар Аггай рукоположён во епископы Селевкии-Ктесифон и тем самым была создана епископская преемственность. Папа бар Аггай первый среди первоиерархов Церкви Востока принял титул «Католикос».
Исаак был признан «Великим митрополитом» и Предстоятелем Церкви Востока в 410 году на Синоде в Селевкии-Ктесифон. Акты этого Синода позднее были отредактированы Патриархом Иосифом I (552—567), анахронически приписавшим Иосифу епископу и последующим предстоятелям титул «Католикос». На самом деле этот титул вошёл в употребление только в конце V века.
В 424 году на поместном Синоде в Селевкии-Ктесифон Церковь Востока под руководством Мар Дадишо I объявила себя канонически независимой (автокефальной) от всех других церквей; с этого года католикосы стали использовать дополнительный титул «Патриарх»
Несмотря на то, что Эфесский собор в 431 году осудил несторианство, число приверженцев его росло. В 484 году Церковь Востока на поместном Синоде в Бет-Лапате под председательством Бар Саумы, Католикоса — Патриарха Востока подтверждает свою приверженность богословскому учению Феодора Мопсуэстийского и Нестория и официально отделяется от Антиохийского патриархата. Среди остальных автокефалий, Церковь Востока приобрела эпитет «Несторианская Церковь».
Представитель внутрицерковной фракции, стоявшей на антивизантийских позициях. Активно пропагандировал несторианское учение.
Представитель внутрицерковной фракции, стоявшей на провизантийских позициях. Безуспешно боролся против принятия Церковью Востока несторианского учения.
В 1969 году Фома Дармо, митрополит Индийский Ассирийской церкви Востока вступил в раскол с Католикосом Мар Шимуном XXI, что привело к разделению кафедры Ассирийской церкви Востока, из которой выделилась Древняя Ассирийская церковь Востока
Мар Шимун XXI Ишая (1969—1975), перенёс резиденцию в США
Мар Дынха IV (1976—2015), отменил наследование патриаршей кафедры