Крепость была возведена по указу Бориса Годунова в 1604 году в результате челобитной эуштинского князя Тояна, который принял российское подданство и просил защитить его земли от набегов враждебных соседей. В марте с заданием основать город на берегу Томи были посланы казачий голова Гаврила Писемский из Сургута и стрелецкий голова Василий Тырков из Тобольска. Уже к осени кремль был срублен. Согласно традиционной версии, он находился на Воскресенской горе на правом берегу Томи напротив расположенного на левом берегу поселения эуштинцев — Тоянова городка. Согласно альтернативной версии, первоначальные укрепления Томска находились в другом, пока не установленном месте. Это связано с тем, что археологические раскопки на Воскресенской горе не позволяют найти свидетельств столь ранней крепости, а данные письменных источников не имеют чёткой привязки к местности.
Вскоре к Томскому кремлю, построенному в качестве рубленого города, был пристроен острог (окольный город), состоявший из заострённых брёвен. Внутри кремля стен находилась съезжая изба (воеводская канцелярия), воеводские хоромы, деревянная церковь, житницы, амбары и погреба, где хранились порох, хлеб, пушнина. Общая длина стен составляла около 210 метров, его площадь составляла 0,2 га. По углам имелись сторожевые башни, высота которых не превышала 3 саженей. Острог имел площадь 4,1 га и три стены длиной 1289 м. В нём жили служилые и промышленные люди, крестьяне.
В последующие годы Томская крепость не раз отражала набеги кочевников. В 1629 году Томск стал центром разряда (области). Из-за роста населения в 1630—1634 годах был построен новый острог, предназначенный для защиты жителей под горой, живших по берегам реки Ушайки. Его назвали новым, или нижним, а старый острог теперь именовался верхним. В 1639 году часть верхнего острога сгорела. В 1643 году в результате крупного пожара сгорел почти весь Томск. В последующие годы под руководством воеводы Осипа Щербатова была построена новая крепость, которая уже несомненно находилась на южном мысе Воскресенской горы. Денежные повинности на строительство новой крепости вызвали в 1648 году восстание горожан. Тем не менее, к осени 1648 году был готов новый укреплённый центр Томска.
Новый кремль имел семь крепостных башен, трое из которых стояли на стене, обращённой к Ушайке, трое находились на стене между городом и острогом и одна на стене, обращённой к Томи. В северной стене находились ворота, ведущие из кремля. Новый кремль был значительно крупнее прежнего и уже почти не уступал по площади острогу. Он просуществовал до 1780-х годов. Военная значимость крепости отпала ещё в начале XVIII века, после чего она стала приходить в негодность.
Память
Решением Томского облисполкома № 242 от 25 июля 1961 года мыс Воскресенской горы признан памятником истории местного значения. В 1966 году на Воскресенской горе был установлен памятный камень. Постановлением Совмина РСФСР № 624 от 04 декабря 1974 года Воскресенская гора, на которой располагался Томский кремль, включена в число археологических памятников республиканского (федерального) значения.
Литература
Бояршинова З. Я. Основание города Томска: [К 350-летию города] // Вопр. географии Сибири: [Сб. ст.]. - Томск, 1953. - Сб. 3. - С. 21-48.
Косых Е. Н. Томская крепость: [Гл. 2-я / Е. Н. Косых] // Томск: История города от основания до наших дней / Под ред. Н. М. Дмитриенко. – Томск, 1999. – С. 27-54: ил. - Авт. указаны на с. 8. – Библиогр. в подстроч. примеч. Черная М. П. Проблема преемственности в расположении Томского города первой половины XVII в. и кремля 1648 г. // Приобье глазами археологов и этнографов: Материалы и исслед. к “Энциклопедии Том. области”. - Томск, 1999. - С. 120-130.
Петров Н. М. Опыт восстановления плана Томского города и острога начала XVII века / Петров Н. М. // Тр. Том. обл. краевед. музея. - Томск, 1956. - Т. 5. - С. 59-78:
Томский город (Томский острог, Томский городок): [Описание археол. памятника федерал. значения] // Ожередов Ю. И. Археологическая карта Томской области / Ю. И. Ожередов, Я. А. Яковлев. - Томск, 1993. - Т. 2. - С. 119.
Черная М. П. Реконструкция оборонительных стен Томского кремля середины XVII в. // Актуальные проблемы древней и средневековой истории Сибири: [Сб. ст., посвящ. 60-летию со дня рождения д-ра ист. наук, проф. Том. гос. ун-та Л. А. Чиндиной]. - Томск, 1997. - С. 327-342
Черная М. П. Проблема преемственности в расположении Томского города первой половины XVII в. и кремля 1648 г. // Приобье глазами археологов и этнографов: Материалы и исслед. к “Энциклопедии Том. области”. - Томск, 1999. - С. 120-130.