Дата основания не установлена. В 1859 году в станице имелись 205 дворов, православная церковь, проживало 502 души мужского и 536 женского пола[2]. К 1873 году в станице проживало 383 души мужского и 441 женского пола[3]. Первоначально станица относилась ко Второму Донскому округу.
Не позднее 1897 года станица была передана в состав Первого Донского округа. Согласно данным Всероссийской переписи населения 1897 года в станице проживало 313 душ мужского и 350 женского пола. В станичный юрт также входило 12 хуторов и 1 временное поселение. Всего в юрте станица проживало около 7 000 человек[4]. Согласно алфавитному списку населенных мест Области войска Донского 1915 года в станице проживало 317 души мужского и 358 женского пола, имелись станичное правление, церковь, приходское училище[5].
В 1914 году из-за натиска песков было принято решение о переносе станицы в хутор Чувильдеев, расположившийся на живописном берегу реки Цимла. Переселение состоялось в 1921 году. Вскоре после этого в честь погибшего в годы Гражданской войны председателя революционного Совета казачьих, крестьянских и батрацких депутатов М. И. Маркина станица Филипповская была переименована в Маркинскую[7].
В 1948 году жители станицы в связи со строительством Цимлянского водохранилища были переселены в хутор Сметановский, расположенный на реке Кумшак. Сметановский колхоз «Клич Ильича» соединился с маркинским колхозом «Заветы Ильича». Хутор Сметановский переименовали в станицу Маркинскую, а объединённый колхоз стал называться «Клич Ильича». В 1950 году открылась новая школа, в 1961 году — дом культуры. В 1986 году состоялось открытие нового здание ФАПа, сельского совета, магазина[7].