Является автором более 30 публикаций по проблематике формирования в Российской Федерации антикоррупционного правового порядка[3]. В 2010 году защитил диссертацию «Правовой порядок в сфере противодействия коррупции: теоретико-правовое исследование», доктор юридических наук[4].
Депутат Государственной думы РФ III—V созывов (1999—2003, 2003—2007, 2007—2011)[6].
19 декабря 1999 года Шишкарёв был избран депутатом Государственной Думы РФ III созыва. Занимал должность председателя Комитета Государственной Думы по международным делам. Входил в состав постоянной делегации Федерального Собрания РФ в Парламентской ассамблее ОБСЕ, был руководителем бюро специального представителя Президента РФ по проблемам Калининградской области, связанным с расширением Европейского Союза.
В 2003 году Шишкарёв избран депутатом Государственной Думы IV созыва. Являлся заместителем председателя Комитета по энергетике, транспорту и связи.
В 2007—2011 годах — депутат Государственной Думы Федерального Собрания РФ V созыва. Председатель Комитета Государственной Думы по транспорту. Курировал Новороссийск, Анапу, Геленджик, Сочи, Туапсинский район. Член Морской коллегии при Правительстве РФ, член Правительственной комиссии по транспорту и связи, член Правительственной комиссии по обеспечению безопасности дорожного движения.
С 2000 года по 2011 год — член Экспертно-консультативного совета при Председателе Счётной палаты РФ. На протяжении трёх лет занимал должность руководителя делегации Федерального Собрания Российской Федерации в Парламентской ассамблее Черноморского экономического сотрудничества (с 2008 года по 2011 год).
Автор более 50 законопроектов, среди которых — «Об обязательном техническом осмотре в Российской Федерации», «Правила дорожного движения в Российской Федерации», «Об аэропортах и деятельности в аэропортах Российской Федерации». Инициатор разработки законопроекта об интеллектуальных транспортных системах, законопроекта о трубопроводном транспорте. В течение нескольких лет последовательно выходил с предложениями по реформированию организации дорожного движения, созданию федеральной службы по управлению дорожным движением[7].
С 2013 по 2018 год Шишкарёв входил в состав Морской коллегии при Правительстве РФ[8]. Занимал должность заместителя Председателя Морской коллегии при Правительстве Российской Федерации, возглавлял Президиум и Деловой совет Морской коллегии при Правительстве РФ[9].
Предпринимательская деятельность
В 1993 году Сергеем Шишкарёвым создана Группа компаний «Дело», которую он возглавлял до 1999 года. С июля 2014 года — Президент Группы компаний «Дело», в настоящее время — Председатель Совета директоров Группы компаний «Дело». Дважды избирался в совет директоров Новороссийского морского торгового порта[10].
В 2023 году в ГК «Дело» изменили структуру совета директоров для достижения паритета с госкорпорацией «Росатом», которой принадлежит 49% транспортно-логистической группы. Госкорпорация также получила 50% мест в советах директоров двух ключевых компаний группы — крупнейшего в России железнодорожного контейнерного оператора «Трансконтейнер» и ведущего оператора портовых терминалов Global Ports.[11]
В 2021 году вошел в рейтинг журнала Forbes «200 богатейших бизнесменов России 2021», где занял 152 место с состоянием $800 млн.[12]
В декабре 2016 года Шишкарёв был переизбран президентом Федерации гандбола сроком на 4 года. 16 октября 2020 года Шишкарёв вновь был переизбран президентом ФГР[15]. Летом 2021 года женская сборная России по гандболу стала серебряным призёром Олимпийских игр в Токио[16].
В декабре 2022 года избран вице-президентом Олимпийского комитета России[17]. В феврале 2023 года Шишкарёв стал председателем Высшего совета Федерации гандбола России[18].
Компании Группы «Дело» поддерживают ряд российских гандбольных клубов[19]:
В сентябре 2018 года по инициативе и при поддержке Шишкарёва и ветеранов в Новороссийске открыт первый в России памятник работникам порта[20]. В сентябре 2022 года в Забайкальске при участии Сергея Шишкарёва открыта спортивная площадка для местных жителей, а также установлена въездная стела, главным элементом которой является даурский журавль – символ Забайкальска[21]. Деньги на проекты выделила одна из компаний Группы «Дело». По инициативе Сергея Шишкарёва в Группе «Дело» запущен и действует демографический проект по повышению рождаемости, поддержке материнства и детства[22].
В мае 2023 года в ходе пресс-конференции Сергей Шишкарёв объявил о начале съёмок полнометражного художественного фильма о легенде футбольного «Спартака» и сборной СССРФёдоре Черенкове. Как заявил Шишкарёв, фильм о легендарном футболисте носит рабочее название «Федя, народный футболист»[25].
Орден Дружбы за успешную подготовку спортсменов, добившихся высоких спортивных достижений на Играх XXXI Олимпиады 2016 года в городе Рио-де-Жанейро (Бразилия)[26]
Орден Почёта за обеспечение успешной подготовки спортсменов, добившихся высоких достижений на ХХХII летних Олимпийских играх и ХVI Паралимпийских летних играх в Токио (Япония)[27]